В апреле 1939 года Ежов и Фриновский были арестованы, а в январе-феврале 1940 года по приговору Военной коллегии Верховного Суда СССР оба они вместе с большой группой их бывших подчиненных были расстреляны. Среди расстрелянных в январе-феврале 1940 года чекистов были: Н.Н. Федоров (бывший начальник 2-го управления НКВД СССР), И.Я. Дагин (бывший начальник отдела 1-го управления НКВД СССР), И.П. Попашенко (бывший начальник 2-го отдела 1-го управления), Н.Г. Николаев-Журид (бывший начальник 3-го отдела 1-го управления), А.С. Журбин (бывший начальник 4-го отдела 1-го управления), З.И. Пассов (бывший начальник 5-го отдела 1-го управления), И.Д. Морозов (бывший начальник 6-го отдела 1-го управления), Л.И. Рейхман (бывший начальник 7-го отдела 1-го управления), И.И. Шапиро (бывший начальник Секретариата и 1-го с/о НКВД СССР).

Заместителей наркома внутренних дел, работавших вместе с Ежовым, постигла та же участь, что и самого „железного наркома“: Я.С. Агранов, М.Д Берман, Л.Н. Вельский, С.Б. Жуковский и Л.М. Заковский были расстреляны, В.М. Курский застрелился сам,М.И. Рыжов умер в тюрьме, находясь под следствием.

Масштабы бериевской чистки в НКВД впечатляют. Всего за 1939 год из органов госбезопасности были уволены 7372 человека (22,9 процента от общего количества оперативно-чекистских кадров НКВД СССР), из них 66,5 процента — за должностные преступления, контрреволюционную деятельность и по компрометирующим материалам. Только из Центрального аппарата НКВД СССР в 1939-м были уволены 695 сотрудников оперативно-чекистского состава.

На оперативные должности госбезопасности по всем аппаратам НКВД в 1939-м были приняты 14 506 человек (45,1 процента от всей численности оперативных сотрудников). Из них 11 062 человека прибыли из партийных и комсомольских органов, 1332 — переведены из управлений и отделов вне УГБ, 1129 — выдвинуты из канцелярских и технических сотрудников, 347 — прибыли из РККА, 34 — из чекистского запаса и 602 человека были приняты на работу по заявлениям.

В Центральный аппарат НКВД СССР в 1939 году на оперативные должности в госбезопасности прибыли 3460 человек, из них 3242 — из партийных и комсомольских организаций. В числе прибывших из партийных организаций были сам нарком внутренних дел СССР Л.П. Берия (прибыл с должности 1-го секретаря ЦК ВКП(б) Грузии), а также С.Н. Круглое и С.Е. Егоров, пришедшие из ЦК ВКП(б)) и назначенные один на должность Особоуполномоченного НКВД СССР (следствие по делам сотрудников НКВД), затем заместителя наркома по кадрам, другой (5 марта 1939-го) — на должность заместителя начальника ГУЛАГа.

Масштабы чистки НКВД видны по тому, что в 1939 году из пяти начальников главных управлений Центрального аппарата НКВД СССР сменились четверо, из пяти заместителей и помощников начальников главных управлений — тоже четверо, из 31 начальника оперативных отделов — 28 человек, из 72 заместителей и помощников начальников оперативных отделов Центра — 69. Всего из 6174 человек руководящих оперативно-чекистских кадров в 1939 году было сменено 3830 человек (62 процента).

На 1 января 1940 года в структурах госбезопасности числились 32 163 оперативных сотрудника, из них в Центральном аппарате НКВД СССР — 3573 человека (11,1 процента), в НКВД/УНКВД — 21 756 (67,6), в ДТО (Дорожно-транспортных отделах) — 3070 (9,5) и в Особых отделах военных округов — 3764 человека (11,8 процента): приведенные количественные данные неполны, но показывают пропорции, существовавшие в оперативных кадрах НКВД в 1939-м. 26 736 человек (83,1 процента оперативного состава органов НКВД) были членами ВКП(б), 4810 (15) — членами ВЛКСМ, 617 человек (1,9 процента) — беспартийными. В числе беспартийных сотрудников Центрального аппарата НКВД были старейшие чекисты, пережившие двух председателей ОГПУ и трех наркомов внутренних дел СССР, — начальник Центрального планово-финансового отдела Л.