Серьезные экологические проблемы Монтаны связаны с внедрением вредных видов животных и растений, а также с потерей ценных местных видов. Особенно эта проблема касается рыб, оленей, лосей и сорняков.

Рыболовство в Монтане традиционно держалось на таких видах рыб, как лосось Кларка, большеголовый голец, сибирский хариус и сиг. Все эти виды, кроме сига, исчезают в Монтане по причинам, включающим снижение уровня воды из-за массового полива, повышение температуры воды и степени ее мутности из-за активной вырубки леса, усиленную рыбную ловлю, а в некоторых случаях — и из-за конкуренции видов и скрещивания и гибридизации, как в случае с радужной форелью, гольцом и гольцом большеголовым. Часть рыбы погибла из-за того, что в водоемы завезли щуку и озерную форель. Кроме того, в водоемы попала «пьяная болезнь». Например, щуку в западной Монтане незаконно развели фермеры, любители порыбачить, и этот прожорливый рыбоед быстро распространился по рекам и озерам и уничтожил поголовье гольца и лосося, на которых молились те же фермеры. Точно так же в озере Флэтхед, где традиционно ловили рыбу северных видов, последнюю извела привозная озерная форель.

«Пьяную болезнь» случайно завезли в США из Европы в 1958 году, когда Пенсильвания закупила датскую рыбу, как оказалось, зараженную паразитами. Сейчас паразиты распространились почти по всему Западу, причем отчасти их переносят птицы, но чаще всего — сами люди, выращивая рыбу в питомниках (как государственных, так и частных) и расселяя. Если паразиты единожды попали в водоем, удалить их оттуда уже невозможно. К 1994 году в реке Мэдисон — самой знаменитой лососевой реке Монтаны — поголовье лосося из-за паразитов упало на 90 процентов.

Хотя «пьяная болезнь» и не передается людям, рыболовному туризму она очень вредит. Другая завезенная болезнь — синдром хронической бессонницы оленей и лосей — более опасна, поскольку может вызывать у людей смертельное неизлечимое заболевание. Эта болезнь оленей и лосей является эквивалентом прионных  заболеваний других живых существ, из которых наиболее известны болезнь Крейцфельдта — Якоба у людей, коровье бешенство или губчатая энцефалопатия крупного рогатого скота (заразная для людей) и скрейпи (почесуха) у овец. Эти заболевания вызывают неизлечимую дегенерацию нервной системы — ни одного человека, зараженного болезнью Крейцфельдта — Якоба, вылечить не удалось. Впервые синдром хронической бессонницы был зарегистрирован на западе США у лосей и оленей в 1970-х годах, возможно (как предполагают некоторые), из-за того, что животные для опытов, содержавшиеся в университете вместе с овцами, зараженными скрейпи, были затем выпущены на свободу. (Сейчас такое освобождение животных преследуется законом.) Дальнейшему распространению болезни от штата к штату способствовали перевозки между фермами, разводившими животных. Мы до сих пор не знаем, передается ли это заболевание от лосей и оленей к человеку, подобно коровьему бешенству, но недавно несколько охотников на оленей умерли от болезни Крейцфельдта — Якоба, и это вызвало панику. В штате Висконсин, где коммерческая охота на оленей приносит в казну ежегодно миллиард долларов, из-за паники перебили 25 000 оленей (отчаянное решение, принять которое было нелегко) в надежде взять распространение болезни под контроль.

Если синдром хронической бессонницы — наиболее пугающая проблема, вызванная привозными вредителями, то наиболее дорогая проблема — это привозные сорняки. Известно около 30 видов сорняков, главным образом евразийского происхождения, прижившихся в Монтане. Семена некоторых из них принес ветер, другие как декоративные растения нарочно посадили люди, не осознавая их опасности. Вред наносится следующим образом: сорняки несъедобны или малосъедобны для скота и диких животных, а некоторые из них ядовиты, но перемешиваются со съедобными растениями, либо они могут стать причиной быстрой эрозии почвы, потому что их корни значительно хуже укрепляют почву, чем корни растений местных видов.