Впоследствии он стал одним из столпов администрации Александра II (входил в различные комитеты, комиссии и ведомства по подготовке реформ), а 6 декабря 1862 года был назначен министром финансов, реорганизовав министерство за время своего руководства по самым высоким мировым стандартам. Рейтерн считал, что благосостояние государства зиждется на богатстве народа и увеличении его производительных сил. Когда начались приготовления к войне с Турцией, он заявил себя решительным ее противником, полагая, что все достигнутое реформами погибнет из-за того, что России не на что будет вести эту войну. А если она все же случится, то дефицит бюджета растянется не менее чем на 20 лет. Когда война началась, Рейтерн подал в отставку, но Александр II попросил его остаться на своем посту хотя бы до ее окончания. Чувство гражданского долга взяло в Рейтерне верх, и он остался. Однако, как только война кончилась, Михаил Христофорович вышел в отставку, хотя продолжал входить в Государственный совет и разные другие административные структуры. Рейтерн вошел в историю как отец российских железных дорог, выдающийся организатор банковского и кредитного дела, добившийся того, что к 1874 году у России был бездефицитный бюджет.

Александр III снова призвал его на службу государству и 4 октября 1881 года возвел в должность Председателя Комитета министров. Рейтерн с согласия царя составил Комитет из неординарных людей, которые в своей деятельности часто были далеки от двора и бюрократии. Впоследствии это правительство очень умный и прекрасно образованный человек великий князь Александр Михайлович охарактеризовал так: «Князь Хилков, назначенный министром путей сообщения, провел свою полную приключений молодость в Соединенных Штатах, работая в качестве простого рабочего на рудниках Пенсильвании. Профессор Вышнеградский – министр финансов – пользовался широкой известностью за свои оригинальные экономические теории. Ему удалось привести в блестящее состояние финансы империи и немало содействовать повышению промышленности страны. Заслуженный герой русско-турецкой войны генерал Ванновский был назначен военным министром. Адмирал Шестаков, высланный Александром II за границу за беспощадную критику нашего военного флота, был вызван в Петербург и назначен морским министром. Новый министр внутренних дел граф Толстой был первым русским администратором, сознававшим, что забота о благосостоянии сельского населения России должна быть первой задачей государственной власти.

Сергей Юльевич Витте, бывший чиновником управления Юго-Западных железных дорог, обязан был своей головокружительной карьерой дальнозоркости императора Александра III, который, назначив его товарищем министра, сразу же признал его талант.

Назначение Гирса, тонко воспитанного, но лишенного всякой инициативы человека, на пост министра иностранных дел вызвало немалое удивление как в России, так и за границей.