Приказом МВД СССР от 14 марта 1953 года начальником внешней разведки был назначен генерал-лейтенант В. С. Рясной. Генерал-майор Питовранов становится его заместителем, а с 21 мая 1953 года — первым заместителем.

26 июня 1953 года Берия был арестован, снят с должностей первого заместителя председателя Совета министров СССР и министра внутренних дел СССР. В тот же день указом Президиума Верховного Совета СССР министром внутренних дел был назначен генерал-полковник Круглов. Ряд близких к Берии чекистов были также арестованы.

После ареста Берии Питовранов допрашивался как свидетель, обвинений ему не предъявлялось. В июле 1953 года генерал-майор Питовранов был командирован в Германию. До марта 1957 года последовательно занимал должности Уполномоченного МВД СССР в Германии, заместителя Верховного комиссара СССР в Германии, начальника Инспекции по вопросам безопасности при Верховном комиссаре, старшего советника КГБ при МГБ ГДР. В 1956 году Е. П. Питовранову присвоено воинское звание генерал-лейтенанта.

В период пребывания Питовранова в Берлине аппарат представительства КГБ по координации и связи с МГБ ГДР добился значительных оперативных результатов. Сам Евгений Петрович за время командировки был удостоен трех орденов.

Следует отметить также активную работу в этот период с уже упоминавшимся нами ценным источником оперативной и политической информации Хайцем Фёльфе — ответственным сотрудником организации Гелена.

В июле 1955 года канцлер ФРГ Аденауэр принял решение о реорганизации разведывательной службы страны, находившейся под контролем ЦРУ, и создании самостоятельной разведывательной службы Западной Германии, которая начала действовать с 1 апреля 1956 года. Ее возглавлял президент БНД, который непосредственно подчинялся федеральному канцлеру и больше не зависел от ЦРУ. Фёльфе получил высокий ранг правительственного советника и был назначен начальником реферата «Контршпионаж против СССР и советских представительств в ФРГ».

Это значительно расширяло разведывательные возможности источника Лубянки. По существу, Фёльфе стал руководителем советского отдела БНД. Через него проходили многие важнейшие документы, которые западногерманская разведка готовила для Аденауэра, в том числе — по вопросам перевооружения бундесвера, внешней политики ФРГ, ее членства в НАТО. С помощью Фёльфе советской разведке удалось нанести сокрушительный удар по спецслужбам ФРГ и США. Так, БНД совместно с ЦРУ разработала и провела дорогостоящую операцию по установке подслушивающей техники в новом здании советского торгпредства в Кёльне с использованием десятков микрофонов. В здании напротив был оборудован стационарный пункт прослушивания ведущихся в советском торгпредстве разговоров. Однако все труды пошли прахом, поскольку предупрежденная Фёльфе советская разведка направила в Кёльн своих технических специалистов, которые пропустили через электропроводку микрофонов ток такой силы, что все закладки сгорели в один момент.

После возвращения в СССР в марте 1957 года Питовранов был назначен начальником одного из управлений и членом Коллегии КГБ при СМ СССР.

В 1960 году последовала новая командировка, на этот раз в Китай — руководителем представительства КГБ при СМ СССР при внешней разведке КНР.

В феврале 1962 года генерал-лейтенант Питовранов был назначен начальником и председателем совета Высшей школы КГБ имени Ф. Э. Дзержинского. В 1964 году заочно окончил ВПШ при ЦК КПСС.

В 1966 году уволен в запас.

Деятельность генерал-лейтенанта Питовранова в органах государственной безопасности была отмечена двумя орденами Красного Знамени, орденом Трудового Красного Знамени, двумя орденами Отечественной войны I степени, тремя орденами Красной Звезды, орденами Дружбы народов и «Знак Почета», многими медалями, а также нагрудным знаком «Почетный сотрудник госбезопасности».