В то же время на территории Узбекистана были образованы две самостоятельные республики: Бухарская народная советская республика (столица – Бухара) и Хорезмская народная советская республика (столица – Хива). Однако фактически со дня провозглашения независимости было понятно, что их самостоятельность – дело временное, поскольку они оказались на перекрестии интересов Востока (советской России) и Запада (стран Антанты и Турции). В итоге уже в 1921 году турецкий генерал Энвер-паша поднял в Бухаре антисоветское восстание, которое закончилось провалом. Спустя год компартии Бухары и Хивы были подключены к деятельности Туркестанского бюро ЦК РКП(б), и с этого момента фактически на всей территории Туркестана была установлена единая вертикаль партийной власти. Два года спустя Москва решила взяться за национально-государственное размежевание в Средней Азии. Декретом от 27 октября 1924 года БНСР и ХНСР были ликвидированы и их территории вместе с территорией упраздненной Туркестанской АССР были поделены между Узбекской и Туркменской ССР.

Чуть позже, в феврале 1925 года, на землях, прилегающих к Аральскому морю, была образована Каракалпакская автономная область, которая сначала входила в состав Казахской АССР, а в декабре 1936 года вошла в состав Узбекской ССР. В 1929 году таджикская автономия, входившая в состав Узбекской ССР, была преобразована в Таджикскую ССР, а после принятия Сталинской конституции 5 декабря 1936 года появились Киргизская и Казахская ССР (до этого обе входили в состав РСФСР).

Несмотря на то, что сопротивление значительной части местного населения советизации Средней Азии было достаточно долгим и упорным (басмаческое движение просуществовало там до начала 30-х годов), однако в целом большевикам удалось достаточно быстро и эффективно разрешить многие проблемы. Как говорил известный персонаж культового фильма «Белое солнце пустыни» красноармеец Федор Сухов: «Восток – дело тонкое». Большевики это быстро уяснили и стали строить свою политику в Средней Азии исходя из местных реалий. И в формировании тамошних политических элит стали опираться на те кланы, которые играли ключевые роли в данных регионах.

Так, в Казахстане большинство первых партийных работников были выходцами из двух жузов: Среднего (Орта) и Младшего (Киши). Первый представлял из себя потомков казахских племенных объединений (кипчаки, аргыны и др.) в Центральном и Северо-Восточном Казахстане, заключивших свой союз еще в XVI веке и вошедших в состав России в середине XVIII века; второй – потомков казахских племен (жети-ру, алим-улы, бай-улы) в Западном Казахстане, вошедших в состав России в XVI веке. На третьем месте по степени своего влияния в системе власти в советском Казахстане стояли потомки Старшего (Улу) жуза, куда некогда входили племенные объединения (канглы, дулаты, албаны и др.), проживавшие в районе Семиречья (южный и юго-восточный Казахстан).

В советской Киргизии власть между собой разделили потомки племен Севера и Юга, которые вели межплеменную борьбу еще с первой половины XIX века. В северную группировку входят следующие кланы: Чуй-Кеминский и Нарынский (роды Сары Багыш и Саяк, представители которого проживают в Кеминском районе Чуйской области, а также в Кочкорском, Тянь-Шаньском и Ат-Башинском районах Нарынской области), Таласский (роды Кушчу и Сару), Чуйский (роды Солто и Тынай), Иссык-Кульский (род Бугу). В южные кланы входят роды Ичкилик и Отуз Уул. Первые проживают на территории Ошской и Баткенской областей и частично Джалал-Абадской области, вторые – на территории Джалал-Абадской области и частично на территории Ошской.

В Таджикистане клановое разделение проходило по трем направлениям: «равнинный север» (ленинабадцы или ходжентцы), «сельскохозяйственный юг» (кулябцы и кургантюбинцы) и «центр» (душанбинцы, гарманцы, тавильдарцы). На номенклатурной обочине находились памирцы и бадахшанцы.

В Туркмении назначение первых лиц в республике проводилось строго по ротации, когда представителя одного племени сменял представитель другого.