Больше года ушло только на взаимное согласование МТК и фирмой „Вулкан” неоднократно изменявшихся чертежей казематов 152-мм орудий. С учетом задержек с утверждением спецификации (ее в МТК „мариновали” год и четыре месяца) и чертежей контрактный 24месячный срок постройки крейсера удлинили и перенесли его сдачу на 5/17 марта 1901 г.

Мешала работе и присущая казенному судостроению прямая подчиненность наблюдающих корабельных инженеров командирам строившихся за границей кораблей. Действуя с чисто военной прямолинейностью командиры пытались низвести корабельных инженеров до уровня указателей, отвечающих только „за тщательность клепки и чеканки”. В таких именно выражениях об условиях своей работы на постройке во Франции „Цесаревича” и „Баяна” писал главному инспектору кораблестроения наблюдающий инженер К. П. Боклевский — в дальнейшем один из ведущих специалистов отечественного судостроения.

В результате командиры кораблей посылали чертежи в Петербург без рассмотрения их наблюдающим инженером; снятые с места шаблоны броневых плит отправлялись помимо инженера — без проверки их по чертежам, а сам наблюдающий инженер лишался права обращаться непосредственно в МТК.

В таком же положении оказался и наблюдающий за постройкой „Богатыря” корабельный инженер Э. Р. де-Грофе, бывший до этого строителем крейсера „Аврора” в Петербурге. В специальном постановлении МТК обращал внимание управляющего морским министерством на ненормальность такого положения, при котором наблюдающие инженеры не несут ответственности за технические решения. Предлагалось восстановить их права согласно ст. 369 „Свода морских постановлений”, напомнить о предусмотренном „Морским уставом” (ст. 245–247) разделении функций командира корабля и его строителя, и для устранения волокиты предоставить наблюдающим корабельным инженерам, как находящимся „в техническом отношении” в подчинении МТК, права непосредственной с ним переписки.

На такую вольность управляющий морским министерством вице-адмирал П. П. Тыртов, подтверждая резолюцией от 17 марта 1899 г. ответственность инженеров, согласиться не решился. Пришлось самому МТК „воспитывать” и ГУКиС, и бравого командира „Богатыря” Стеммана, который еще год спустя после тыртовской резолюции пытался игнорировать права наблюдающего инженера. Был даже случай, когда МТК вернул без всякого рассмотрения „единолично одобренные” Стемманом чертежи, настаивая на согласовании их с де-Грофе.

И все же самой главной причиной срыва сроков готовности „Богатыря” явилось опоздание поставки его башенных установок.

Отсутствие проекта этих башен заставило МТК в журнале от 29 января 1899 г. „оставить вопрос о них открытым”. Фирма считала себя обязанной поставить только самые башни с центральными трубами и „куполообразными” крышами, а поворотные столы, механизмы подачи и заряжания и т. п. относила к области поставок заказчика. Считая, что фирма, будучи инициатором применения башен на корабле, сама же и предусмотрит для них соответствующую нагрузку в проекте, а распределение заказа согласует с ГУКиС, Морской технический комитет, по объяснению главного инспектора артиллерии генерал-майора А. С. Кроткова, не вдавался в детали и был крайне удивлен сообщением, что фирма предполагает применять башни системы Круппа. Эти башни по размерам соответствовали башням 152-мм орудий на наших броненосцах типа „Полтава” и обладали несравненно большим весом, чем отводился для них в проекте „Богатыря”.

В результате только в мае 1899 г., когда выяснилось, что башни будут изготовляться в России, МТК, сопоставляя конкурсные предложения отечественных заводов на их поставку, установил, что перегрузка на крейсере из-за неучтенной своевременно массы башен составит около 80 т.