Следует отметить, что Герцен все время относился к Нечаеву недоверчиво и неприязненно. В письмах «К старому товарищу» (1869), обращенных к Бакунину и отчасти Огареву, он решительно отвергает теорию и тактику анархизма как явления глубоко враждебные революции. Герцен утверждает, что необходимо «окончательно пожертвовать уголовной точкой зрения, а она, по несчастью, прорывается и мешает понятия, вводя личные страсти в общее дело и превратную перестановку невольных событий в преднамеренный заговор». И далее: «Дикие призывы к тому, чтобы закрыть книгу, оставить науку и идти на какой-то бессмысленный бой разрушения, принадлежат к самой неистовой демагогии и к самой вредной».

В августе 1869 г. Нечаев возвращается в Россию, и в Москве, преимущественно из студентов Петровской земледельческой академии, создает тайное общество «Народная расправа», состоящее из небольших, не связанных между собой кружков. Это давало Нечаеву возможность внушать членам «Народной расправы» иллюзию об огромных масштабах организации, ячейки которой будто бы разбросаны по всей стране и даже по всему миру. Нечаев предъявлял особо доверенным лицам мандат, подписанный Бакуниным от имени «Русского отдела всемирного революционного союза», пользовался специальными бланками с эмблемой «Альянса». Нечаев требовал от членов «Народной расправы» беспрекословного повиновения своим приказам. На этой почве в конце 1869 г. произошло трагическое событие, повлекшее за собой арест почти всех участников подпольной организации. За отказ подчиниться Нечаеву 21 ноября в парке Петровской академии был убит студент И. Иванов. Убийство совершил сам Нечаев с помощью четырех членов «Народной расправы» — П. Успенского, А. Кузнецова, И. Прыжова, Н. Николаева. Нечаев успел бежать за границу, остальные четверо, вместе с другими участниками «Народной расправы», через полтора года предстали перед судом Санкт-Петербургской судебной палаты. (В 1872 г. Нечаев был выдан швейцарскими властями русскому правительству и приговорен к каторжным работам в Сибири.)

Первые сообщения, а затем и статьи о «нечаевской истории» появились уже в январе 1870 г. Особенно усердно выступали «Московские ведомости», обвинявшие другие органы печати в либерализме и нигилизме. (В статье «Наши бури и непогоды» Салтыков писал, что, по мнению этой газеты, следует арестовывать «не по несомненным уликам, и даже не по уликам, а так просто, по предложению, или, точнее сказать, по вдохновению».) Однако позднее, когда происходил сам процесс и когда его материалы, сначала публиковавшиеся в «Правительственном вестнике», затем перепечатывались и комментировались на страницах многих изданий, наглядно обнаружилось то «литературное единодушие», которое с такой убийственной иронией показал Салтыков. Разумеется, отдельные, иногда даже существенные разногласия были между некоторыми печатными органами. Так, например, «С.-Петербургские ведомости» резонно осуждали «Московские ведомости» за то, что те «думают, что защитники должны были греметь против нигилизма», «изобличить весь вред этого направления».