Изнутри шестиметровая трубка тонкой кишки устроена так, что ее поверхность, через которую молекулы могут проникать в организм, имеет очень большую площадь. Площадь увеличивается за счет крошечных тонкостенных выростов — ворсинок. Благодаря им поверхность напоминает махровое полотенце, которое может впитать больше воды, чем обычное кухонное того же размера, потому что петельки махрового полотенца действуют как абсорбенты. Внутри каждой ворсинки есть капилляр, и в кишечнике повторяется та же ситуация, что и в легких и почках. С одной стороны оболочки капилляр, с другой — внешний мир.

Вода может просачиваться сквозь стенки кишечника в кровь (и наоборот). Вместе с водой в кровь попадают маленькие молекулы различных веществ, образовавшихся из пищи после расщепления крупных молекул в процессе пищеварения. Прохождение этих веществ через стенку пищеварительного тракта в кровь называется усвоением.

Когда пища покидает тонкую кишку и попадает в более короткую толстую кишку, она почти полностью состоит из воды (благодаря жидкости, попавшей в нее в процессе пищеварения) и веществ, оставшихся в форме крупных молекул, которые не проходят сквозь оболочку. Эти неперевариваемые продукты состоят из растительной и животной клетчатки. Не оказывая влияния на работу организма, поскольку они не усваиваются, эти вещества все же полезны: они наполняют кишечник, пока идет процесс пищеварения.

В толстом кишечнике происходит всасывание воды. Вода выполнила свою функцию, и нет смысла ее терять. Поэтому при прохождении через толстую кишку содержимое пищеварительного тракта становится менее водянистым, и, когда пища попадает в прямую кишку, которой заканчивается пищеварительный тракт, она представляет собой более или менее плотную массу, готовую к выведению из организма.

Когда в толстой кишке нарушается механизм всасывания воды, содержимое выводится из организма в жидком или полужидком виде, и это состояние называется диареей. Происходит аномальная потеря воды и некоторых растворенных в ней веществ. Именно потеря воды делает диарею столь изнурительной, а для младенцев, у которых запас питательных веществ еще очень мал, она вообще может привести к летальному исходу.

В человеческих экскрементах содержится большое количество бактерий (примерно от четверти до половины их массы), которые попадают в кишечник с пищей и быстро размножаются в тепле и безопасности — идеальной среде обитания бактерий. Обычные бактерии, обитающие в нашем кишечнике, не являются патогенными, то есть не вызывают болезней и не причиняют нам вреда, правда лишая нас части пищи, которую они перерабатывают для себя. В пищу домашним животным, чтобы ускорить их рост, добавляют антибиотики и тем самым снижают количество бактерий, населяющих кишечник, в результате животные получают больше пищи, а бактерии меньше.

Однако бактерии в обмен на часть пищи вырабатывают для себя некоторые витамины, которые мы не в состоянии вырабатывать сами, такие, как, например, витамин В₁₂, о котором я уже упоминал ранее. Они вырабатывают витаминов больше, чем могут потребить, и мы усваиваем их излишки. Такое обоюдное сосуществование двух организмов называется симбиозом.

Для домашнего скота симбиоз еще более важен, чем для нас. Скот в основном питается травой и другой грубой растительной пищей, содержащей много клетчатки, которая не переваривается в желудке многоклеточных животных. Если бы животные зависели только от собственной системы пищеварения, то быстро бы умерли с голоду. Однако у всех питающихся травой животных сложный пищеварительный тракт (у домашней скотины он состоит из четырех разных желудков), в котором пища может храниться долгое время. Бактерии пищеварительного тракта расщепляют клетчатку на усвояемые фрагменты. Возможно, наши бактерии так же расщепляют клетчатку, однако у человека пищеварительный тракт короче, и бактериям на это просто не хватает времени. Бактерии используют частицы пищи, а остальное усваивается животными.