Борис Годунов не жалел средств, когда речь шла о приглашении искусных докторов и аптекарей. При нем в Москве возник Аптекарский приказ, — выделившийся из состава дворцового ведомства. По свидетельству Якова Маржарета, главой приказа был «аптечный боярин», ведавший всеми врачами и аптекарями в государстве. Новая должность считалась одной из высших в Боярской думе. Аптекарский приказ был придворным учреждением и обслуживал царскую семью и близкий к ней круг боярской знати.

Борис ценил своих ученых докторов и много времени проводил в их обществе. Он расспрашивал их об иноземных порядках, советовался о важных государственных делах, особенно религиозных. Сближение православного царя с иноземными докторами вызывало осуждение со стороны приверженцев старины. Русские писатели считали этот грех Годунова едва ли не худшим: «Едино же имея неисправление и от Бога отличение, ко врачем сердечное прилежание…»

Правление Бориса было временем расцвета Немецкой слободы на Кокуе, в предместье Москвы. Среди нескольких сот жителей этой слободы преобладали выходцы из Ливонии, принадлежавшие к протестантскому вероисповеданию. По просьбе немецких врачей Годунов позволил им выстроить себе кирху. Члены немецкой колонии в Москве собрали столь много денег на строительство кирхи, что на оставшиеся после окончания постройки деньги открыли школу в слободе.

Под влиянием немцев в московский быт стали проникать некоторые новшества Самым пагубным из них поборники православия считали обычай брить бороду. К великому возмущению монахов, Борис не только не осуждал, но и поощрял брадобритие.

Годунов проявил исключительную заботу о благоустройстве столицы, строительстве и укреплении городов. При нем в жизнь Москвы вошли неслыханные новшества. В Кремле был сооружен водопровод с мощным насосом, благодаря которому вода из Москвы-реки поднималась «великой мудростью» по подземелью на Конюшенный двор. Борис велел выстроить каменный мост «з зубцы» через Неглинную против Тверской улицы. Сооружение использовали для устройства плотины и мельницы, расположенной под мостом. По аналогичному проекту был построен мост-плотина через Волхов в Новгороде.

Архитекторы Бориса приступили к сооружению нового царского дворца в Кремле Строители успели заложить фундамент — «взруб каменной за Сретением, от Москвы-реки, а на том было взрубе ставити хоромы». Подле Архангельского собора были выстроены обширные палаты для военных приказных ведомств. За Неглинной мастера поставили новый земский двор, служивший управой благочиния. Посреди Красной площади сделали «лобное место каменное, резана, двери-решетки железные». После большого пожара в Китай-городе Годунов выделил из казны средства для постройки там каменных торговых рядов.

Строительство превратилось в подлинную страсть Бориса Годунова. По его приказу надстроили столп колокольни Ивана Великого и «подписали» на нем имя Бориса. Искусные мастера отлили для колокольни огромный колокол — «таков колокол весом не бывал». Из-за неслыханной тяжести его так и не смогли поднять наверх и сложили для него особую деревянную «колокольницу». Царские архитекторы приступили к возведению грандиозного каменного собора «святая святых» на площади за Иваном Великим. Рабочие успели забить сваи и завезти на строительную площадку камень и известь. Смерть Бориса помешала довести дело до конца.

К числу шедевров русской архитектуры принадлежат каменные церкви, воздвигнутые в годуновских вотчинах — в селах Хорошево и Вяземы под Москвой.

В строительной деятельности Годунова примечательны два момента. Во-первых, его постройки оставили заметный след в развитии русской архитектуры. Во-вторых, Годунов нередко подчинял свои проекты благотворительным целям.