Василия держали в тесной каменной камере над воротами замка. К нему не допускали ни его родственников, ни русскую прислугу. Князь Дмитрий Шуйский жил в каменном нижнем помещении. Братья имели неодинаковый возраст и обладали неодинаковым здоровьем. Но умерли они почти одновременно. Царь встретил свой смертный час 12 сентября 1612 года. Никто из близких не присутствовал при этом. Дмитрий скончался пять дней спустя. Тюремщики разрешили его жене и слугам наблюдать за агонией князя.

Страже запрещено было произносить имена узников. В акте о смерти Василия чиновник записал: «Покойник, как об этом носится слух, был великим царем московским». Стремясь рассеять подозрения насчет насильственной смерти, составители акта записали: «Покойный жил около семидесяти лет». На самом деле Василию едва исполнилось шестьдесят. Его брат Дмитрий был на несколько лет моложе. Трупы умерших тайно предали земле, чтобы никто не догадался о местонахождении могил. Младшего из трех братьев, Ивана Шуйского, власти пощадили. «Мне, — говорил князь Иван позже, — вместо смерти наияснейший король жизнь дал». Помилованному Шуйскому уготована была судьба таинственного узника. Он должен был забыть свое подлинное имя и происхождение. Отныне он фигурировал под именем Ивана Левина. Расходы на его содержание урезали до 3 рублей в месяц. Оставшиеся у него дорогие вещи были отобраны в королевскую казну.

Как ни старался Сигизмунд III спрятать концы в воду, слух о тайном преступлении достиг России. Московские летописцы нимало не сомневались в том, что братья Шуйские погибли в Литве «нужной» (насильственной) смертью.

Завоевательная война была чужда польскому народу. Сейм все более сдержанно относился к продолжению войны и в особенности к дальнейшим чрезвычайным налогам. Расходы на содержание наемных войск опустошили королевскую казну и привели к образованию огромного долга. Поражение армии Ходкевича вызвало тревогу и растерянность среди тех, кто еще недавно поддерживал завоевательные планы Сигизмунда. Многие сенаторы советовали королю обратить внимание на турецкую угрозу и поспешить с заключением мира на востоке. Сигизмунд не прислушался к трезвым голосам. Однако ему пришлось отказаться от попытки занять московский трон и включить Россию в состав коронных владений по праву завоевателя.

18 августа 1612 года Сигизмунд выступил в московский поход, объявив, что намерен усадить на царский трон сына Владислава. Как и накануне смоленской экспедиции, он побоялся созвать сейм, опасаясь его противодействия.

На границе короля ждала армия в четыре тысячи человек. В Вязьме к нему присоединились гетман Ходкевич со своим войском и более тысячи человек конницы из состава смоленского гарнизона. Сигизмунд предполагал двигаться к Москве кратчайшим путем. Но местность, прилегавшая к старой смоленской дороге, давно была разграблена и опустошена. Королевская армия не могла тут прокормиться. По предложению Ходкевича полки от Вязьмы повернули к Погорелому Городищу, вышли на ржевскую дорогу и стали продвигаться к Волоколамску.

В конце октября Сигизмунд еще ничего не знал о катастрофе, постигшей его гарнизон в Кремле. Однако и земское правительство не подозревало о появлении неприятельских сил на ближних подступах к столице. Весть об этом повергла русских в замешательство.

Положение Москвы было достаточно трудным. По обыкновению дворяне «в осенину» стали покидать полки и разъезжаться по поместьям. Тотчас после освобождения Кремля Пожарский и Трубецкой обратились к городам с отчаянным призывом о присылке провианта. Служилые люди, писали они, заступили Москву, не щадя голов своих, а ныне они на земской службе и помирают голодом. Чтобы разрешить продовольственные трудности, воеводы не препятствовали разъезду дворян.