Собор решал разные вопросы церковной и государственной жизни, однако лишь через 2 месяца началось обсуждение вопроса о восстановлении в России патриаршества, хотя возникла эта проблема сразу после революции 1905-1907 годов. 25 октября власть в Петрограде была захвачена большевиками. В субботу, 28 октября, когда в Москве начались уличные бои между Красной гвардией и сторонниками Временного правительства, на Соборе и решался вопрос о патриаршестве.

29 октября митрополит Тихон должен был служить в Храме Христа Спасителя, но пройти туда из-за стрельбы в центре Москвы он не смог. Эти события ускорили принятие Собором решения о восстановлении патриаршества. 31 октября, под грохот орудий, состоялось голосование. Сначала избрали трех кандидатов в патриархи: архиепископа Харьковского и Ахтырского Антония (159 голосов), архиепископа Новгородского и Старорусского Арсения (199 голосов) и митрополита Тихона (162 голоса).

Из трех кандидатов делегаты-епископы должны были избрать патриарха, но они предложили «отдать все на волю Божью, путем жребия». Бросить жребий постановили сразу же после окончания уличных боев.

Митрополит Тихон поехал в Кремль и, увидев тела убитых юнкеров, лужи крови и разрушения, причиненные артиллерийским огнем Чудову монастырю и соборам Кремля, просил избирать патриарха не в Успенском соборе, как того хотели делегаты Собора, а в Храме Христа Спасителя.

5 ноября слепой схимонах Зосимовой пустыни Алексий вынул из ковчега жребий с именем Тихона. Он стал патриархом, 21 ноября в Успенском соборе состоялась его интронизация.

В феврале 1918 года В. И. Ленин подписал декрет об отделении Церкви от государства и школы от Церкви. В центре и на местах руководители партии и Советов восприняли его как приказ к уничтожению Церкви. Стали разгоняться духовыне семинарии и академии, закрываться храмы и монастыри, имущество Церкви объявлялось государственным. Сотни, а затем и тысячи священников и монахов становятся жертвами ЧК.

Уже в январе Патриарх Московский и всея Руси 1918 года Тихон предал анафеме всех врагов Церкви, вступив в борьбу с большевизмом. Власти тут же ответили сокрушительным ударом: «Все церковнослужители, замеченные в распространении всяких контрреволюционных воззваний, а также пропаганды в этом направлении, будут караться со всей строгостью революционного времени вплоть до расстрела».

Однако Тихон не испугался. Он не признал Брестский мир, призвал совершать панихиды по убитым в Екатеринбурге Николаю II и членам его семьи. В октябре 1918 года он обратился с письмом к Совету Народных Комиссаров, открыто обвинив Советскую власть в надругательстве над Церковью и над Отечеством: «Взыщется от вас всякая кровь праведная, вами проливаемая, и от меча погибнете сами вы, взявшие меч».

Патриарха подвергли домашнему аресту, устроили на него покушение, но он боролся против расстрелов заложников, против осквернения церквей и уничтожения мощей, за спасение жизней 30-ти миллионов голодающих, против бандитского изъятия церковных ценностей, воззвав в то же время, отдать все реликвии, которые не употребляются при богослужении, в пользу голодающих.

Но Ленин использовал разразившийся голод для того, чтобы «провести изъятие церковных ценностей с самой бешеной и беспощадной энергией и не останавливаясь перед подавлением какого угодно сопротивления».

28 марта 1922 года в «Известях» был опубликован «Список врагов народа», в котором под № 1 был назван Патриарх Тихон.

Вслед за тем в ГПУ один за другим начались процессы над священнослужителями, которых бросали в тюрьмы и приговаривали к расстрелу. К концу 1922 года было расстреляно более 8 тысяч человек.

6 мая Патриарха Тихона арестовали и заключили под арест в Донском монастыре.

Одновременно с этим ГПУ и Советское правительство в мае 1922 года инициировали создание так называемой «Живой церкви», стоящей на платформе новой власти.