С началом войны народу у Казанского собора не стало меньше, но переменились характер толпы и ее настроение, постоянно был полон народом и храм.

За собором находилась губернская типография, в которой печатались сообщения из армии, распоряжения московского губернатора Ростопчина и тут же раздавались народу. Люди на площади ожидали этих сообщений, которые тотчас вызывали оживленные обсуждения, замечания, вопросы. На ограде собора вывешивались лубочные листы о войне: «Крестьянин Иван Долбило», «Французы под конвоем бабушки Спиридоновны», «Беседы бывшего ратника московского мещанина Карнюшки Чихирина о доблести русского воина» и многие другие.

В ночь на 1 сентября 1812 года, накануне вступления Наполеона в Москву, архиепископ московский Августин по приказу губернатора Ростопчина выехал из Москвы во Владимир, увозя московские святыни — Владимирскую икону Божией Матери и Иверскую. Казанская икона пока оставалась в храме. Лишь 2 сентября, когда французские войска уже входили в город, икону вынесли из собора; сначала ее укрыли в доме протоиерея Сергия, а затем увезли из города. В статье священника Радугина, опубликованной в 1862 году, приводятся воспоминания неназванного мемуариста о том, как были вывезены Августином Владимирская и Иверская иконы, но поскольку обстоятельства и детали его выезда из Москвы хорошо известны и не соответствуют этому рассказу, то очевидно, что здесь речь идет о другой святыне — видимо, о Казанской иконе.

Икону погрузили в дорожную карету, рассказывает мемуарист, и «…полетели вскачь к Крестовской заставе, думая настичь обоз с церковным имуществом; но у Сухаревой башни были остановлены врагами, предупредившими их и загородившими выезд из столицы. Чтобы не остаться в плену, надобно было повернуть лошадей назад и искать другого выезда. Сначала думали, было, пробраться к Калужской заставе, в которую проходили русские войска; но, повернув на Яузу, повернули в Рогожскую заставу, где была страшная давка от множества экипажей и народа, спешившего выехать из Москвы».

Красная площадь у Казанского собора. Литография. 1840 год

Следуя за армией, карета с Казанской иконой Божией Матери оказалась под Тарутином, где Кутузов разворачивал лагерь русских войск.

Во время своего пребывания в Москве французы ограбили Казанский собор, но он не был разрушен. Площадь перед ним завалило грудами кирпичей от взорванной Никольской башни.

12 октября последние французские части ушли из Москвы, в тот же день была совершена служба в сохранившемся Страстном монастыре. В первых числах ноября в Москву возвратился архиепископ Августин со святынями. 1 декабря по Китай-городу прошли крестные ходы, во время которых Августин освящал краплением воды Москву: «…древний благочестивый град сей, богоненавистным в нем пребыванием врага нечестивого оскверненный». Среди других храмов был освящен и Казанский собор.

XX век, принесший русскому православию — вере, церкви и верующим тяжкие испытания, поругание святынь, страдания и гонения, сравнимые с гонениями, которым подвергались первые христиане, начался страшным и пророческим исчезновением подлинной чудотворной Казанской иконы Божией Матери из ее обители — Богородицкого казанского монастыря.

Утром 29 июня 1904 года служители обнаружили, что из монастырского собора исчезли две иконы: чудотворная Казанской Божией Матери и Нерукотворный образ Спасителя.

Полиции удалось обнаружить непосредственных похитителей — двадцативосьмилетнего крестьянина Варфоломея Стояна, он же Чайкин, и тридцатилетнего крестьянина Комова, а также их сообщников — сожительницу Чайкина и ее мать, которые обвинялись в укрывательстве похищенного, ювелира, купившего золото и жемчуг с окладов икон, и церковного сторожа, который, возможно, содействовал похищению.