Рентгенографический анализ показывает, что Верроккьо, лишенный тонкого понимания природы, первоначально написал фон с несколькими округлыми группами деревьев и кустарников, у которых вид скорее деревянный, нежели древесный. Когда за дело взялся Леонардо, в ход пошли масляные краски: ими он очень реалистично изобразил медлительную, но игристую реку, петляющую между крутыми скалистыми берегами. Этот пейзаж перекликается с видом долины Арно и в то же время предвещает «Мону Лизу». По контрасту с прозаичной пальмой Верроккьо, созданный Леонардо фон пропитан какой-то магической смесью натурализма с художественным вымыслом.

Пласты горных пород (кроме куска скалы в правом верхнем углу — тут чувствуется чужая рука) изображены с большой тщательностью, хоть пока еще без той тонкости, которая проявится у Леонардо позднее. Отступая вдаль, изображенные предметы постепенно размываются, как это бывает в жизни, и как бы отступают вдаль, к затуманенному горизонту, где голубизна неба постепенно переходит в белую мглу, лежащую на холмах. «Края дымки станут неразличимы на фоне небесной синевы, а ближе к земле они будут походить на клубы пыли», — читаем мы в одной из записных книжек Леонардо.

Работая над фоном и передним планом, Леонардо выстроил организующую тему всей картины, а именно — сюжет, объединяемый извилистой рекой. Он изобразил, как течет Иордан, с мастерством, говорящим о научных познаниях, и с большой духовной глубиной. Он показал метафорическую мощь реки, подобной течению крови, которая соединяет макрокосм Земли с микрокосмом человека. Вода течет с небес, из далеких озер, пробивает себе путь через скалы, образует и суровые утесы, и гладкие камушки, а потом струится из чаши в руках Крестителя, как бы сливаясь с кровью в его жилах. Наконец, она омывает ноги Христа и мелкой рябью подходит к самому краю картины, словно дотягиваясь до зрителей и приобщая их к этому единящему весь мир потоку.

Вначале вода несется стремительно и неудержимо, а потом, встретив преграду — лодыжки Иисуса, — образует круги и воронки, прежде чем продолжить движение. Выписывая эти точно подмеченные водовороты и по-научному верно изображая мелкие волны, Леонардо наслаждается своим любимым узором, который будет воспроизводить всю жизнь: это спирали, встречающиеся в природе. Локоны, ниспадающие на шею его ангела, похожи на каскад воды, словно река перетекла через его голову и превратилась в волосы.

В центре картины помещен настоящий водопад. И на картинах, и на рисунках в записных книжках Леонардо еще множество раз будет изображать воду, которая низвергается в водоем или поток и там закручивается буйными спиралями. Иногда это строго научные изображения, а порой от них веет мрачными фантазиями. Здесь падающая вода кажется блестящей. Она образует брызги, которые резвятся вокруг водоворотов, совсем как щенок Товия.

Начиная с «Крещения Христа», Верроккьо из учителя Леонардо превратился в его соавтора. Он уже помог Леонардо овладеть скульптурными основами живописи, прежде всего умением придавать предметам рельефность, а также правдиво изображать тело в движении. Но теперь Леонардо, научившийся писать тончайшими слоями масляной краски — прозрачными и призрачными — и к тому же наделенный необычайной наблюдательностью и воображением, поднимал живопись на принципиально иной уровень. И горизонт в дымке, и тень под подбородком ангела, и вода у ног Христа — все это ясно говорит о том, что Леонардо совершенно по-новому понимает стоящую перед художником задачу — преображать и передавать наблюдаемый им мир.