Некоторые авторы — вслед за Фрейдом, голословно заявлявшим, что «пассивные гомосексуальные» желания Леонардо «сублимировались», — высказывали предположения, что его влечение подавлялось и находило выход лишь в творчестве. Возможно, спекуляции о том, что Леонардо предпочитал держать в узде свои сексуальные порывы, восходят к его собственному афоризму: «Кто не может обуздать похотливые желания, ставит себя на один уровень с животными». Однако у нас нет никаких оснований полагать, что сам он хранил целомудрие. «Те, кто во имя нравственности желает выставить Леонардо — этот неистощимый источник творческой мощи — неким бесстрастным или бесполым существом, явно рвутся обелить его репутацию, но имеют весьма сомнительные представления о том, как это лучше сделать», — писал Кеннет Кларк.

Напротив, и в жизни, и в заметках Леонардо очень многое указывает на то, что он нисколько не стыдился своих сексуальных желаний. Они скорее забавляли его. В разделе записей, озаглавленном «О члене», он с юмором писал, что пенис, похоже, наделен собственным разумением и порой рвется действовать, не считаясь с волей своего хозяина: «Связан он с разумом человеческим и имеет иногда разум сам по себе, и хотя бы воля человека хотела его возбудить, оказывается он упрямым и делает по-своему, иногда двигаясь самовольно, без дозволения или помышления человека; как спящий, так и бодрствующий делает, что хочет, и часто человек спит, а он бодрствует, во многих же случаях человек бодрствует, а он спит; во многих случаях человек хочет его применить, а он не хочет, во многих случаях он хочет, а человек ему запрещает. Поэтому кажется, что это живое существо часто имеет душу и отдельный от человека разум». Ему казалось нелепым, что член зачастую является предметом стыда и люди стесняются говорить о нем вслух. «Напрасно человек стыдится называть его, не говоря уже о том, чтобы его показывать, а наоборот, всегда его закрывает и прячет, его, который должен бы быть украшаем и торжественно показываем, как правитель».

Как же это отражалось в его искусстве? В рисунках и набросках из записных книжек он выказывал гораздо больший интерес к мужскому телу, нежели к женскому. Рисуя обнаженных мужчин, он наделял их нежной красотой, и многие фигуры изображены в полный рост. А вот почти все женщины, которых он писал — за исключением ныне утраченной «Леды и лебедя», — одеты, причем показана только верхняя часть тела выше талии.

Несмотря на это, Леонардо, в отличие от Микеланджело, мастерски изображал женщин. Его женские портреты, начиная с «Джиневры Бенчи» и заканчивая «Моной Лизой», выполнены с глубоким пониманием и психологической прозорливостью. «Джиневра» стала новаторским произведением (по крайней мере в Италии), потому что в ней художник показал лицо модели в три четверти, отказавшись от традиционного для женских изображений уплощенного вида сбоку. Это позволяет зрителю взглянуть в глаза женщины, а глаз, как заявлял сам Леонардо, — это «окно души». После «Джиневры» женщин перестали изображать безучастными манекенами, а начали показывать живыми людьми с собственными мыслями и чувствами.

Если же смотреть глубже, то гомосексуальность Леонардо, скорее всего, проявлялась в его осознании себя как непохожего на других, как чужака, не вполне вписывающегося в обычные рамки. Когда Леонардо достиг тридцатилетия, его отец, с годами добивавшийся все большего успеха, стал вхож в высшие слои общества и выступал советником по правовым вопросам для семьи Медичи, главных городских гильдий и церквей.