Помощниками капитана на судне были мастер (шкипер, штурман, пилот, навигатор) и квартирмейстер. Штурман (нидерл stuurman, от stuur — руль и man — человек) отвечал за навигацию: прокладывал курс корабля в открытом море, исчислял его перемещения и отмечал передвижения на карте, следил за исправной работой навигационных приборов, а также хранил старые и составлял новые морские карты (лоции).

Квартирмейстер (нем. Quartiermeister, англ quartermaster) заведовал на судне хозяйством и в то же время являлся попечителем всех членов команды, «скромным подражателем римского трибуна, ибо он выступал за команду и в ее интересах». Квартирмейстер принимал участие во всех сражениях и часто возглавлял абордажную группу. В случае победы он следил за грабежом захваченного судна и определял, что можно забрать с него, а затем хранил добычу до ее раздела. Под его присмотром также осуществлялась распродажа отдельных вещей с аукциона, проходили ремонтные работы, заседания трибуналов и дуэли; он же был инициатором созыва общих собраний, контролировал решения капитана и передавал ему волю команды. При появлении вакансии на капитанскую должность ее обычно замещал квартирмейстер. Например, Эдвард Дэвис, плававший квартирмейстером в команде капитана Джона Кука, после смерти последнего был избран капитаном судна.

Помощник капитана нередко назывался лейтенантом (франц. и англ lieutenant) или «товарищем» (англ mate — товарищ, друг, помощник, штурман). Во время экспедиции Ван Хоорна на Веракрус его лейтенантом был сьёр де Граммон; когда Ван Хоорн умер от полученной на дуэли раны, Граммон стал командовать его фрегатом.

На больших кораблях в число младших командиров входили бомбардир (старший артиллерист), командовавший канонирами (пушкарями), и боцман (нидерл. bootsmann), командовавший рядовыми матросами. Боцман наблюдал за поведением матросов, производством такелажных работ, подъемом тяжестей, постановкой и спуском рангоута, уборкой якорей, управлением рулем и парусами на шлюпках, исправным состоянием наружного вида судна.

Важное место в иерархии должностей на флибустьерском судне отводилось корабельному лекарю — доктору (англ. doctor\ или хирургу-цирюльнику (англ. surgeon). Главной обязанностью этого последователя Эскулапа было оказание медицинской помощи своим товарищам по команде — либо в случае их болезни, либо в случае их ранения. При этом каждый хирург держал на борту судна «докторский сундук» («медицинский саквояж» и т. п.) с лекарствами и хирургическими инструментами и получал при разделе добычи дополнительную долю. Шарлевуа подчеркивал; «Сундук хирурга оплачивался за счет коммуны».

Среди других специалистов, без которых не могло обойтись ни одно более или менее приличное флибустьерское судно, следует назвать корабельного плотника (на больших кораблях их могло быть несколько), парусного мастера и кока (судового повара). Поскольку в рассматриваемую эпоху плавания осуществлялись исключительно на деревянных судах, плотники отвечали за исправное состояние всех деревянных частей судна — как корпуса, так и рангоута. В обязанности парусного мастера входили пошив и ремонт парусов, а в обязанности кока — приготовление пищи для всей команды.

Когда флибустьеры объединяли свои суда во флотилии, они выбирали себе главнокомандующего, которого называли либо генералом (нидерл generaal, от лат. generalis — общий, главный), либо адмиралом (нидерл admiracd, от араб, амир аль бахр — повелитель моря). В книге Эксквемелина «Пираты Америки» (1678) под портретом Франсуа Олоне написано, что он был «генералом французских пиратов на Тортуге», а под портретом Моргана указано, что он — «генерал пиратов Ямайки». «Генералами» флибустьеров Сен-Доменга называли сьёра де Граммона, Франсуа Гронье и иных вожаков, периодически возглавлявших пиратские флотилии.