Специальные денежные вознаграждения — премии — получали пираты, особо отличившиеся в бою. Так, перед походом на Панаму в 1670 году разбойники договорились, что тому, кто первым водрузит флаг на укреплении врага, следует добавить 50 песо к его доле. Тот, кто сознательно пойдет на риск ради общего дела, должен был получить сверх своей доли еще 200 песо. Гренадерам платили по 5 песо за каждую брошенную ими гранату. Команде корабля, которая первой захватит в море испанское судно, из общей суммы выделялась премия в 1000 песо. Все эти факты подтверждают слова очевидца о том, что флибустьеры «готовы были сражаться только ради денег».

Демократичность флибустьерского сообщества заключалась в том, что на судах, принадлежавших всему экипажу, все командирские должности были выборными. Любое важное решение принималось после обсуждения на совете (сходке, собрании) большинством голосов. Если на судне не было командира, назначенного судовладельцем (или если сам капитан не являлся судовладельцем), тогда вожак избирался из числа наиболее храбрых и удачливых моряков; но, в отличие от капитана военного или корсарского судна, власть его всегда была ограниченна: флибустьеры беспрекословно подчинялись ему только во время боя.

Если команде не нравился выборный капитан, последнего могли сместить с должности и избрать на его место другого человека. Если же капитан, вызывавший недовольство, был владельцем судна, тогда команда или часть команды могли покинуть его и перейти на другое флибустьерское судно. О том, что такие случаи не были единичными, свидетельствуют шевалье де Сен-Лоран и Мишель Бегон. В своем мемуаре, датированном 25 января 1685 года, они писали, что «когда флибустьеры недовольны своим капитаном, они его покидают, сами оплачивают свой провиант и садятся на другие корабли; это часто делает их экспедиции бесплодными и губит авторитет капитанов».

Вся захваченная добыча сначала поступала в общую собственность флибустьерского братства, и только после дележа переходила в собственность отдельных лиц. Чтобы при дележе не было обмана, каждый, от капитана до юнги, должен был поклясться на Библии, что не возьмет ни на грош больше того, что ему причитается. Того, кого уличали в ложной клятве, лишали доли добычи в пользу остальной команды, «или же ее отдавали в виде дара какой-нибудь часовне». Часть добычи, которая приходилась на долю павших в бою, передавалась их товарищам (матлотам) или родственникам.

Флибустеры, оперировавшие в бассейне Карибского моря, как правило, производили дележ награбленного на островках южнее Кубы или на острове Ваш. Бедные или плохого качества трофейные суда либо отпускали, либо сжигали, а богатые и добротные суда забирали себе и отводили на свои базы — в ямайскую гавань Порт-Ройял, на Тортугу или в гавань Пти-Гоав на Эспаньоле. Пленных, за которых не надеялись получить выкуп, высаживали на берег при первой возможности (чтобы не кормить), но двух-трех оставляли, рассчитывая впоследствии продать или использовать в качестве слуг.

Придерживаясь собственных законов, флибустьеры сами вершили суд над провинившимися собратьями. Того, кто при дележе добычи давал ложную клятву, изгоняли с корабля и впредь никогда не принимали. Его могли «марунировать» (англ. marooning), или «осудить на высадку», то есть оставить на необитаемом острове с ружьем, небольшим запасом пороха, свинца и воды. Упоминавшиеся выше шевалье де Сен-Лоран и Мишель Бегон писали, что «капитаны часто высаживают флибустьеров на пустынных островах или побережьях, что приводит к потере большого количества людей».

В некоторых экипажах за насилие над пленными женщинами, пьянство, неповиновение командиру, самовольную отлучку с поста провинившихся наказывали: вдали от неприятеля — лишением доли в добыче, вблизи его — смертью. Виновного в вероломном убийстве привязывали к дереву, и он сам выбирал человека, который должен был его умертвить.