Из другой таблицы (весовых нагрузок) трех броненосцев выяснилось, что броненосец "Цесаревич" при водоизмещении 12900 т, имел запас водоизмещения 197 т, "Бородино" при проектном водоизмещении 13516 т 246 т, фактическое водоизмещение 14091 т. Исправленный тип "Бородино" (был и такой вариант) имел водоизмещение 15280 т, проект Кораблестроительного отдела — 16620 т. Запас водоизмещения в этом новом проекте и вовсе отсутствовал. Соответственно возрастали шансы повторения все тех бесчисленных неувязок, которыми сопровождалось проектирование, и они, происходившие при проектировании и постройке броненосцев типа "Бородино", должны бы повториться в еще более широком масштабе. Предопределена была и неизбежная перегрузка кораблей. Первое изменение проекта вызвала неувязка с применением на кораблях минных аппаратов.

В первоначальном задании предполагалось 5 подводных и 1 кормовой надводный аппарат. МТК предлагал применить четыре траверзных подводных аппарата и один кормовой надводный. Если носовой подводный установить будет трудно, то его, как и кормовой, следовало сделать надводным, но забронированным с бортов и сверху. За этими задачами последовали новые, и о назначенных Ф.В. Дубасовым срокам разработки проекта пришлось забыть. Сначала в МТК проверяли расчеты, выполненные инженерами Санкт-Петербургского порта, одновременно дорабатывая проект, выполнявшийся в МТК. Так 18 марта 1903 г. корабельный инженер В.М. Гредякин (1868-?) по поручения В.Д. Скворцова выполнял расчеты моментов инерции веса броненосцев "Наварин", "Полтава", "Бородино" и проекта водоизмещения 16 600 т относительно поперечной оси, а также сравнительную таблицу "главных размеров и некоторых элементов тех же броненосцев".

21 марта правильность этих расчетов по поручению ГИК Н. Е. Кутейникова проверял корабельный инженер Р. А. Матросов. Базовым проектом, подлежащим детальной разработке, был признан проект Санкт-Петербургского порта. И хотя в нем броневая продольная переборка была удалена от борта только на 2,44 м (проект МТК предусматривал 4,47 м вместо 1,8 м, как было на "Бородино"), но было усилено подразделение корпуса поперечными переборками. Для большой живучести котлов часть их в проекте МТК (по примеру "Бородино") подняли на высоту 2,44 м. Традиционно, по опыту прежних катастроф в проектах уделялось большое влияние проблемам непотопляемости. Бронирование сохранялось по образцу "Бородино", а толщина по одному из вариантов, предусмотренных заданием МТК от 30 января 1903 г.

Выбор еще предстояло сделать. В стремлении уменьшить водоизмещение отказались от полубака на "Цесаревиче" и "Бородино". Проектируя броненосец "Князь Потемкин-Таврический", МТК добился установки полубака (в сравнении со служившим прототипом броненосцем "Три Святителя"). Теперь явно во вред кораблю, предназначенному для открытых морей, принималось решение совершенно обратное — болезненное стремление отечественного кораблестроения к всемерному уменьшению водоизмещения и постоянный отказ почти во всех проектах от запаса водоизмещения. Повторялся скандальный опыт крейсера "Аврора" (не меняя теоретический чертеж, решили избежать перегрузки, сняв два из десяти полагавшихся по проекту 152-мм орудий). На "Двенадцать Апостолов" с той же целью применили укороченные орудия.

Для усовершенствованного "Бородино" было совершено и вовсе непоправимое — отказались от предполагавшихся 305-мм орудий длиной 50 калибров. Это был такой наивно-примитивный шаг, за который весь состав участников заседания и всю верхушку министерства следовало с позором уволить в отставку. Строить заведомо неполноценный корабль; лишенный всякой перспективы на модернизацию — это деяние, заслуживающее самого внимательного исследования.