Так как иррациональные чувства тревоги и чувства угрозы, происходящие из бессознательного, могут привести к действиям, направленным на провоцирование враждебности со стороны терапевта, супруга или супруги, или работодателя. Когда эти действия достигают успеха, ранее неясные чувства тревоги принимают форму явных и знакомых страхов потерять поддержку терапевта и поставить под вопрос продолжение лечения, беспокойство по поводу разрушения семьи или обоснованная озабоченность по поводу потери работы. В случаях, когда такие подсознательные страхи особенно сильны и уже начинают граничить с угрозой жизни, пациент может на самом деле пуститься на поиск опасных ситуаций, например, рискованного вождения, прыжков с парашютом, прогулок в опасных районах или походов в бары и ночные клубы с сомнительной репутацией. Подобным образом ЛСД пациент, погруженный в глубокое иррациональное чувство вины, может повести себя исключительно некрасиво, нарушая базовые правила терапии или пытаясь обидеть, вывести из себя или вербально нападать на терапевта. Он или она могут также в своей повседневной жизни совершать в высшей степени сомнительные поступки, провоцирующие возникновение чувства вины. В результате ранее существовавшее чувство вины может быть рационализовано, как вызванное реальными внешними событиями и соответствующее объективной ситуации. Я привел лишь несколько примеров очень распространенного механизма, который может стать реальной проблемой в терапевтической ситуации, равно как и в повседневной жизни пациента. Для успешного течения психоделической терапии абсолютно необходимо, чтобы терапевт был знаком с этим феноменом и был способен правильно с ним работать.

Изменения, причиной которых является активизация различных уровней СКО, обычно не очень серьезны и находятся в рамках различных невротических и психосоматических явлений, если только активизированный уровень не относится к раннему детству и/ или его эмоциональный заряд не является слишком большим. Когда активированная важная СКО остается неразрешенной, субъект в пост-сессионный период сталкивается с усилением клинических симптомов, относящихся к этой системе, и воспринимает окружающий мир с особыми искажениями, отражающими ее содержание. Кроме того, он или она демонстрируют тенденцию к экстериоризации общей темы СКО или отдельных специфических характеристик одного из ее уровней в повседневной жизни и лечебной ситуации. Он или она могут начать странным образом реагировать на некоторые обстоятельства. Поведение субъекта в этих условиях может включать в себя  сложные  психологические маневры, которые обычно вызывает особые закономерные реакции со стороны партнеров по различным межличностным отношениям. Внешние ситуации, которые возникают в результате такого взаимодействия, представляет собой примерные отражения оригинальных травматических событий, которые остались неразрешенными на предыдущей сессии. В силу того, что в этой части мы обсуждаем осложнения ЛСД терапии, мы касаемся только активизации негативных СКО. Однако важно отметить, что активация позитивных СКО так же возможна, и она может иметь сильные положительные последствия подобной природы.

Когда неприятные последствия ЛСД сессии возникают в результате неполного разрешения СКО, их общая природа и особое содержание можно понять, когда подсознательный материал полностью проявится. Основное направление эмоциональных и межличностных проблем будет отражать общую тему системы, а особые детали будут иметь значение в рамках отдельного уровня активизированной СКО.  Терапевт часто не способен понять динамику проблемы в тот момент, когда она возникает, и тогда ему или ей следует подождать, пока весь лежащий в основе подсознательный материал не проявится, и гештальт не будет завершен. Однако опытный ЛСД терапевт не всегда способен лишь на ретроспективное понимание. В некоторых случаях  материал, которые будет пережит, можно предсказать, по крайней мере, в общем виде, основываясь на особых характеристиках неприятных последствий.