Чезаре и кардинал Борджиа, обеспокоенные всей этой таинственностью, ждали некоторое время у моста возвращения Хуана. Когда же он не появился, поехали домой, «испытывая сильную тревогу и сомнения». На грума Хуана, отправленного за оружием, по дороге напали: слуга получил легкие ножевые ранения, но так как, по словам Скалоны, «был он человеком сильным», ему удалось уйти от нападавших и он вернулся на пьяцце Джудеа, чтобы дождаться хозяина. Так и не дождавшись герцога Гандийского, он вернулся в Ватикан, решив, что Хуан проводит ночь с какой-нибудь римлянкой, как это часто случалось. Ни грум, ни Чезаре не сообщили папе в ту ночь об эскападе Хуана.

На следующее утро слуги Хуана доложили Александру, что их хозяин так и не вернулся. Папа сначала не слишком волновался, поскольку привык к любовным похождениям Хуана, однако тревога возросла, когда сын в течение дня так и не появился. Вечером Александр послал за Чезаре и кардиналом Борджиа и потребовал рассказать ему, что случилось. Они сообщили ему то, что узнали от грума Хуана, на что Александр, по свидетельству Скалоны, сказал, что «если Хуан мертв, то ему понятны и причина, и следствие». Затем «охваченный смертельным ужасом», по выражению немца Иоганна Бурхарда, папского церемониймейстера, он приказал начать поиски. Папские агенты рыскали по улицам, вселяя в горожан ужас. Опасаясь вендетты, многие римляне закрыли свои лавки и забаррикадировали двери. Колонна, Савелли, Орсини и Каэтани выставили возле дворцов стражу, а разъяренные испанцы все носились по улицам со шпагами наголо. Наконец 16 июня, в пятницу, после лихорадочных поисков, услышали рассказ торговца лесом по имени Джорджио Скьяви, который приглядывал за лесом, сложенным на речном берегу возле больницы Сан Джироламо дельи Скьявони. Вот что он рассказал:

…Было около двух часов ночи. Я сторожил свой лес, лежа в лодке. Двое мужчин вышли из переулка слева от больницы Святого Иеронима и приблизились к реке. Они оглядывались по сторонам и, никого не увидев, вернулись назад. Вскоре из этого же переулка вышли двое других мужчин, они так же внимательно оглядели всю территорию, после чего подали знак своим товарищам. И тут появился всадник на белой лошади, за его спиной было перекинуто тело: голова и руки трупа свисали с одной стороны, ноги — с другой. Тело поддерживали слуги, чтобы оно не упало на землю. Добравшись до места, в которое у нас обычно бросают в воду всякий хлам, всадник развернул лошадь хвостом к реке. Затем слуги, взявши труп за руки и за ноги, столкнули тело в реку. Когда всадник осведомился у них, утонуло ли тело, они ответили: «Да, синьор». Всадник посмотрел на реку и увидел, что на поверхности воды плавает что-то. Он спросил, в чем дело, и слуги ответили: «Синьор, это его плащ». Тогда он стал бросать туда камни, и плащ ушел под воду. Покончив дело, все пятеро, включая двоих, что вышли проверить обстановку, вернулись в переулок, ведущий к больнице Святого Иеронима.

Когда торговца спросили, отчего он не рассказал об этом инциденте властям, Джорджио ответил просто: «В жизни мне довелось увидеть чуть ли не сотню трупов, которых сбрасывали по ночам на том самом месте, и шума из-за этого никто не поднимал».

После его рассказа всем рыбакам и лодочникам Рима было приказано обшарить реку, пообещали вознаграждение. Сначала обнаружили тело неизвестного человека, затем примерно в полдень возле церкви Санта-Мария-дель-Пополо рыбак по имени Баттистино да Талья вытянул сеть с телом молодого человека. Тот был полностью одет, на руках перчатки, на поясе кошелек с дукатами. Насчитали девять ножевых ран — на шее, голове, туловище и ногах. Это был Хуан Гандийский.

Тело Хуана перевезли в замок Святого Ангела, обмыли, нарядили в парчу с эмблемой гонфалоньера Церкви. Похороны проводились со всеми почестями. Процессия с двенадцатью факелоносцами во главе, папскими клириками, оруженосцами «двинулась без всякого порядка, рыдая и завывая», из замка Святого Ангела к церкви Санта-Мариядель-Пополо, как описывал историк Бурхард.