А пока, всегда руководимый своей преданностью трудящимся массам, он отказался участвовать в организационном праздничном комитете по случаю восьмидесятилетия Толстого. «Граф Лев Толстой – гениальный художник, наш Шекспир, может быть, – писал он Венгерову. – Но… с лишком двадцать лет с этой колокольни раздается звон, всячески враждебный моей вере; двадцать лет старик говорит все о том, как превратить юную, славную Русь в китайскую провинцию, молодого даровитого русского человека – в раба… Может быть, Вам покажется резким мое суждение, даже наверное так. Но иначе не могу думать. Я хорошо заплатил за право мое думать именно так, как думаю». (Письмо от конца июля 1908 года.)

Его стремление придать народу значение почти сверхъестественное заставило его опубликовать в 1908 году большую повесть «Исповедь», которую он посвятил Шаляпину. В ней он анализирует моральный конфликт человека, раздираемого одновременно марксизмом и христианством.

Герой повести, Матвей, подкидыш, воспитанный дьяконом в почитании Священного Писания, задается вопросом с самого юного возраста, почему Бог так мало любит людей. Повзрослев, он отправляется бродить по свету в поисках абсолюта. Старичок странник, встреченный на опушке леса, открывает ему разрешение этой проблемы: Бога еще только нужно создать, и только заводским рабочим по силам в скором времени выполнить эту задачу. Тогда Матвей направляется к ним и, озаренный их мудростью, начинает различать дорогу, которая ведет к новому Богу, богу справедливости и доброты. Но вскоре их начинает преследовать полиция, и Матвей покидает завод, чтобы нести благую весть дальше. Подтверждение его веры ему дает чудо: у дверей одного монастыря взволнованная набожная толпа окружила молодую парализованную девушку, лежащую на носилках. Вдруг, словно оживленная энергией, исходящей из народа, народа-изобретателя, несущего в себе Бога, больная поднимается и идет. Эта мистико-социальная амальгама не могла понравиться Ленину, непреклонный атеизм которого не допускал никаких отклонений от доктрины. Он осудил «Исповедь» и, шире, пророчества, «богостроительство» Богданова и Луначарского как попытки отойти от философии Маркса. Он отказался преподавать в новой партийной школе и учредил собственную школу, в Лонжюмо, около Парижа, перетянув к себе нескольких учеников из рабочего центра на Капри. Комитет каприйской партийной школы упрекал Ленина в отсутствии лояльности, тогда как Ленин бросал своим противникам обвинение в желании создать новую партию, отнюдь не марксистскую. Однако он никогда не вмешивал в разборки Горького, словно писательский талант искупал его политические заблуждения. Он даже повторно посетил Капри в 1910 году (Ленин уже провел на Капри две недели в 1908 году), по приглашению Горького, и эта встреча скрепила их примирение.

Дружба этих двух людей держалась, как ни странно, на противоположности их натур. Они казались такими же антагонистами, как лед и пламя. Ленин, вышедший из мелкого дворянства, сын директора гимназии, по образованию юрист, во всех своих решениях был ведом несгибаемой логикой. Обладавший трезвым и холодным умом, подчиненным суровой системе, он принимал в штыки малейшую сдачу позиций в идеологическом плане, проповедовал сугубый материализм и был убежден, что в деле революции цель оправдывает средства. Горький же, вышедший из народа, с характером артистичным и эмоциональным, был способен на необдуманные поступки, на внезапную ненависть, на неконтролируемые порывы. Он дал себе образование сам благодаря множеству прочитанных книг и относился к знанию с уважением самоучки. С детства в нем жила религиозность, через которую все еще преломлялась его революционная борьба. Его социалистические убеждения были не продуманными, а интуитивными, как зов веры у первых христиан. Он возлагал большие надежды на будущее партийной школы Капри.