Основал ее митрополит Петр Могила, получивший образование в Париже, в Сорбоннском университете. Он старался, чтобы православных церковнослужителей обучали не хуже, чем в иезуитских академиях. Нравы в коллегии были суровые: за плохое старание в науках страдала не столько голова, сколько противоположная часть тела, нещадно стегаемая розгами. За победу в умственном состязании полагалась награда. По примеру средневековой Западной Европы диспуты в коллегии проходили торжественно, как рыцарские турниры.

Племянник Феофана Прокоповича и после завершения учебы не мог считать себя знатоком наук. В Западной Европе изучали труды Ньютона и Лейбница. До Руси новые веяния доходили через монахов, обучавшихся у иезуитов. Приходилось притворно переходить в католичество, поступать в иезуитские академии, а вернувшись на родину и покаявшись, возвращаться в лоно Православной Церкви.

Семнадцатилетний Прокопович прошел Польшу, Германию, Австрию, преодолел Альпы и добрался до Рима. Под именем Самуила Церейского в 1698 году поступил в римскую коллегию Святого Афанасия. Учился успешно, был допущен в секретные фонды Ватиканской библиотеки. Ему прочили блестящую карьеру. Через три года он тайно бежал из Рима. После скитаний по Западной Европе пришел в Россию и постригся в монахи.

Он преподавал поэтику, риторику, философию и теологию в Киевской духовной академии. Если библейский текст противоречил выводам науки, отдавал предпочтение объективным знаниям: «Там, где уже приобретены знания, человеческая вера не имеет места». Ему покровительствовал Петр I. Феофан стал его советником и помощником в делах просвещения и подчинения Церкви государству.

Феофан организовал «Ученую дружину», где обсуждались вопросы культуры, экономики, общественной жизни; обосновывал установление в России просвещенного самодержавия при укреплении крепостного права и подавлении политических противников («Слово о власти и чести царской», «Правда воли монаршей»). Он отвергал предрассудки (даже относящиеся к мощам святых), говоря, что отсутствие «света учения» содействует «многим смеха достойным суевериям». Люди, веря в чудеса, доверяют сказкам плутов и лжецов, не умея отличить правду от выдумки.

Законы природы и познания он считал непреложными: никакое чудо не может свершиться вопреки им. Признавал идею множественности обитаемых миров, а оппонентам-богословам ответил: кто отрицает такую возможность, тот сомневается во всемогуществе Божием. По его словам: «В природе существует и живет Бог» (не пантеизм ли это?).

Противоречили легенде о Всемирном потопе взгляды Феофана на геологические процессы, отвечавшие передовым научным достижениям той эпохи: «С течением времени возникло множество новых гор, многие из них превратились в равнину. Это происходит обычно определенным способом, действием силы вод, которые вымывают внутренние соли и подымают горы, а другие сносят, нажимая на них, а также действием силы ветров, движений земли и иных». И тут Прокопович выступил как прямой предшественник Ломоносова.

Резко критиковали демократы «Духовный регламент», составленный Феофаном. По словам протоиерея Георгия Флоровского, этот «регламент» лишил Церковь независимости, «ибо государство чувствует и считает себя абсолютным. Именно в этом и состоит замысел того «полицейского государства», которое заводит и утверждает в России Петр».

Церкви определялась роль департамента по делам религии, подчиненного верховной власти. Ослабление влияния Церкви на жизнь общества вряд ли создавало «полицейское государство». И почему речь идет только о России? Будто в других странах власть не основывалась (да и ныне так) на подавлении внутренних врагов.