В 1625 году Михаил Федорович выдал патриарху жалованную самосудную грамоту. Таким путем пастырь пожелал узаконить неподсудность патриарших владений светским чинам. Впрочем, попытка разграничить сферы деятельности с царем не имела особых последствий.

Патриарх Филарет усвоил необычный в русской истории титул – Великий государь и Святейший патриарх. Он соединил в своих руках церковную и светскую власть. Патриаршие ризы сидели на Филарете так же хорошо, как боярские одежды. Но по натуре и привычкам Романов был не столько духовным пастырем, сколько честолюбивым и опытным государственным мужем. Будучи в царствующем граде, он тщательно вникал в дела управления государством и выносил решения. Во время длительных поездок на богомолье патриарх наказывал сыну сообщать ему обо всех важных политических новостях: «да и о сем, государь, вели мне возвещать коротким писанием, любо отписки придут из Новгорода, или изо Пскова, или из порубежных городов, или отинды откуду, чтоб мне, отцу твоему и богомольцу, о том ведомо было». Не церковные, а военные новости интересовали Филарета в первую очередь.

Михаил старательно исполнял приказ батюшки, а также пересылал ему нераспечатанными письма, полученные на имя иерарха в столице. Имеются сведения, что воеводы вели из лагеря под Смоленском отдельную переписку с патриархом. Филарет получал тайные грамоты из Псковского Печорского монастыря.

В 1627 году патриарх сам вел секретные переговоры с турецким послом Кантакузином о заключении союзного договора против Речи Посполитой. Получив из рук посла «письмо» – проект договора, Филарет после рассмотрения передал его главе Посольского приказа. Предложение турок было отклонено. В 1631 году шведский посол Руссель по прибытии в Москву говорил наедине с патриархом, а затем с членом Ближней думы князем Иваном Черкасским. Посольский приказ, а значит, и Боярская дума не были осведомлены о «тайном деле», с которым приезжал посол.

Ранее, в 1620 году, московские послы прислали из Персии две отписки. Одну царь Михаил и Филарет велели «честь» всей Боярской думе, а другую «мы слушели и ближним бояром чести велели, а всем бояром чести не велели».

В конце жизни патриарх нередко принимал решения по важнейшим внешнеполитическим и военным вопросам единолично, отстранив Боярскую думу.

При Иване III Россия имела трех великих князей, при Михаиле – двух царей. Конфликты между царями не возникали, так как сын никогда не перечил родителю.

Отец царя поначалу мирился с тем, что в Кремле распоряжались старица Марфа и ее любимцы. В 1623 году он приступил к перестановкам в Ближней думе. Прологом послужил розыск о злоупотреблениях братьев Салтыковых.

Извещая народ об опале на Салтыковых, власти писали: «забыв государево крестное целование и государскую великую милость, а государская милость была к вам (Борису и Михаилу Салтыковым) и к матери вашей (сестре старицы Марфы) не по вашей мере; пожалованы вы были честью и приближеньем больше всех братьи своей», «только и делали, что себя богатили, домы свои и племя свое полнили, земли крали и во всяких делах делали неправду, промышляли тем, чтоб вам при государской милости, кроме себя, никого не видеть, а доброхотства и службы к государю не показали».

Русские известия находят подтверждение в иностранных донесениях. Описав злоупотребления московских властей, Исаак Масса в своих письмах 1616–1618 годов подчеркивал, что такое правление, «если останется в теперешнем положении, долго продолжаться не может»; чиновники корыстолюбивы и лицеприятны; Михаил попустительствует им и возлагает надежды единственно на возвращение из польского плена своего отца Филарета, который один «в состоянии поддержать достоинство великокняжеской власти». «Лобанов с Салтыковым, – писали из Москвы шведские эмиссары, – были первыми во власти, тиранили с таким насилием, что могли бы все перевернуть, если бы не заступился отец» царя Михаила.