1998 — сыграл одну из главных ролей в картине «Сочинение ко Дню Победы» режиссёра С. Урсуляка с В. Тихоновым и О. Ефремовым. Гастроли Театра Вахтангова в Сургуте; выступление М. Ульянова перед нефтяниками месторождения «Ульяновское». Телесериалы «Самозванцы», «Зал ожидания», «Бедная Лиза» (Россия — США). Награждён премией президента России в области литературы и искусства. Добровольно отказывается от третьего срока на посту председателя СТД и передаёт бразды правления А. Калягину; становится почётным председателем Союза театральных деятелей России. Избран академиком Национальной академии кинематографических искусств и наук России. Снят в документальном фильме «Михаил Ульянов. Хроника одной роли».

1999 — снялся в роли писателя в телесериале канала НТВ «Досье детектива Дубровского». Удостоен премии деловых кругов России «Кумир» в номинации «За высокое служение искусству» и театральной премии «Золотая маска». Сыграл роль деда-мстителя Ивана Фёдоровича в картине режиссёра С. Говорухина «Ворошиловский стрелок» по роману В. Пронина. В издательстве «Алгоритм» выходит автобиографическая книга «Приворотное зелье». Премия «Золотой овен», премия «Ника» в номинации «Лучшая мужская роль» за фильм «Ворошиловский стрелок».

2001 — картины «Северное сияние», «Часы без стрелок (Тайна Марчелло)». Телесериал «Самозванцы-2».

2002 — сыграл роль Старика в «Русской народной почте» О. Багаева; признал работу неудачной. Исполнил роль вора в законе, хранителя общака в фильме Егора Кончаловского «Антикиллер»; этой работой «а-ля дон Корлеоне» немножко даже гордился. 24 апреля — принимает участие в церемонии открытия Центральной библиотеки Муромцевского района, которая носит имя Михаила Ульянова. Картина «А розы цветут при всех режимах» (съёмки не закончены из-за прекращения финансирования). Отказался сниматься в роли пожилого любовника, которого обворовывает молодуха, в продолжении «Добровольцев» у режиссёра Д. Астрахана. В телесериале Ю. Кары «Звезда эпохи» последний раз сыграл маршала Жукова (уже не «бога войны», а опального, окутанного сплетнями).

2003 — Патриарх всея Руси Алексий II вручает Ульянову орден Святого Благоверного князя Даниила Московского II степени. Сыграл роль народного артиста Черкасского в фильме В. Ахадова «Подмосковная элегия», за которую награждён «Призом белой зависти». Съёмки в телесериале «Самозванцы-3».

2004, 29 апреля — последний выход на сцену театра — в роли Шмаги в спектакле «Без вины виноватые» по пьесе А. Островского (с которой, по сути, и начинал свою актёрскую деятельность в Омской театральной студии). Картина «Год лошади — созвездие скорпиона».

2005 — телесериалы «Звезда эпохи», «Охота на изюбря». Награждён орденом «За честь и доблесть» за служение российскому народу и нагрудным знаком «Золотой Олимп». Присвоен единоличный почётный титул «Суперзвезда». К 60-летию победы в Великой Отечественной войне награждён орденом «За вклад в Победу». Торжественно присвоено звание почётного гражданина Омской области (в ответ на беспрецедентные овации в зале Омского театра лишь промолвил со слезами на глазах: «Что вы со мной делаете, земляки?»). В Омской области учреждена премия в сфере театрального искусства имени Михаила Ульянова, которая присуждается лучшему театру, лучшему актёру и лучшему режиссёру года.

2006, август — во время отдыха в санатории в Ивановской области с приступом острой боли по приказу С.