Итогом исследования Толстого, посвященного догматическому богословию, стало полное отрицание церкви как установления и такое же полное отрицание ее учений. «Как же я могу, – спрашивает Толстой, – верить этой церкви и верить ей тогда, когда на глубочайшие вопросы человека о своей душе она отвечает жалкими обманами, нелепостями и еще утверждает, что иначе отвечать на эти вопросы никто не должен сметь, что во всем том, что составляет самое драгоценное в моей жизни, я не должен сметь руководиться не чем иным, как только ее указанием». «Цвет панталон я могу выбрать, жену могу выбрать по своему вкусу, но остальное, то самое, в чем я чувствую себя человеком, во всем этом я должен спроситься у них – у этих праздных, обманывающих и невежественных людей».

С огромной силой негодования бичует Толстой лицемерие церкви, полное расхождение ее современных учений с первоначальным нравственным учением христианства. Отступив от духа христианства, церковь, —доказывает Толстой, – извратила христианское учение до того, что дошла до отрицания его всей своей жизнью: «Вместо уничижения – величие, вместо бедности – роскошь, вместо неосуждения – осуждение жесточайшее всех, вместо прощения обид – ненависть, войны, вместо терпения зла – казни».

Этим лицемерием прикрывается главный и непростительный в глазах Толстого грех церкви – ее участие в общественном порядке, основанном на угнетении и ограблении трудящихся. В конечном счете слово «церковь» есть «название обмана, посредством которого одни люди хотят властвовать над другими».

В восьмидесятых годах прошлого века, когда Толстой писал свои богословские сочинения, развитая им критика догматического богословия сыграла несомненно положительную роль. Сила этой критики состояла не в новизне доводов, которыми Толстой доказывал несостоятельность церковного догматического вероучения. Задолго до Толстого догматы эти были подвергнуты рационалистической критике деистами, рационалистами, вольнодумцами, сектантами всяких мастей. Толстой только применил эти доводы, уже использованные против католичества и против протестантизма, к православию.

Оригинальной, неповторимой, самобытной критику Толстого делает зоркость, с какой Толстой разглядел связь, существующую между учениями церкви и социальным строем капиталистического общества. «Крестьянский» взгляд Толстого и в церкви разгадал одну из сил, разоряющих и порабощающих крестьянство, узаконивающих и освящающих бедствия надвигавшегося на крестьянина нового и непонятного для него врага – капитализма.

Истолкование религии как учения практической этики ярко выразилось также в большой работе Толстого «Соединение, перевод и исследование четырех Евангелий», опубликованной издательством «Посредник» в 1907 (I том) и в 1908 году (II и III томы).

Идея соединения в одно повествование всего содержания четырех Евангелий не нова. Попытки такого соединения были сделаны до Толстого Арнольдом де Вансом, Рейсом, Фарраром, Гречулевичем. Толстому эти работы были известны. Однако выполненное Толстым соединение четырех Евангелий существенно отличается от работ названных ученых своей задачей и руководящей точкой зрения. Предшественники Толстого подходили к своей задаче как к задаче историко-филологической. Толстого эта задача совершенно не интересует. Его соединение и перевод Евангелий не есть ни труд богослова, ни труд ученого историка, ни даже труд филолога-переводчика. Работа Толстого есть попытка очищения текста четырех Евангелий от всего, что самому Толстому представляется несовместимым с его собственным понятием о религии и, в частности, о христианской религии. Это – интерпретация канонических Евангелий в духе морального учения Толстого.