Из команды «Потемкина» 47 человек решили вернуться в Россию сразу же, прямо на броненосце. Затем число вернувшихся достигло 117 человек. Всех их разделили на категории: зачинщиков бунта, тех, кто присоединился под угрозой насилия, и т.д.

Историк Б. Никольский считает: «Поскольку весь экипаж “Потемкина” был интернирован и остался в Румынии, провести полноценное судебное расследование по факту мятежа на броненосце было нереально. Только полноценное дознание и следствие с опросами, допросами, следственными экспериментами и прочими процессуальными процедурами могло дать объективную картину, в том числе оценить степень внедрения представителей различных антиправительственных структур и партий в экипаж броненосца и их влияние на ход мятежных действий. Только поэтому оказалась столь живучей легенда о том, что во главе мятежа стояли социал-демократы и пр. По этой же причине Константин Фельдман, создавая и культивируя свой ореол буревестника революции, мог в этой связи и немного пофантазировать…»

Жандармским управлением был составлен весьма подробный «Список нижних чинов-убийц и главных зачинщиков бунта», согласно которому по всей империи и за ее границами начался розыск государственных преступников.

С 25 января по 4 февраля 1906 года в Севастополе состоялся военно-морской суд. По делу о мятеже были привлечены 68 потемкинцев. При этом судьи прекрасно понимали, что главные зачинщики и руководители мятежа сбежали за границу. «В рассматриваемом случае, когда важнейшие преступники были увлечены примером других, а все остальные действовали под угрозой лишения жизни, зачинщиков и главных виновников нет. Поэтому все наказания назначаются по усмотрению суда, в зависимости от вины и степени участия каждого». На основании манифеста от 21 октября 1905 года смертная казнь трем матросам была заменена каторгой на 15 лет, 16 человек были осуждены к различным срокам каторжных работ, остальные отделались посылкой в исправительно-арестантские роты. Заметим, что практически все арестованные весьма активно сотрудничали со следствием, почти каждый клялся, что он был против мятежа и ненавидел главарей. Но минули годы, сменилась политическая власть в стране, и эти же матросы, как по мановению ока, все как один сразу же стали «первыми друзьями Вакуленчука и Матюшенко» и «руководителями восстания»…

Судили и 75 зачинщиков восстания и с «Георгия Победоносца», троих казнили. Им не повезло, дело было в августе, до Октябрьского манифеста, и приговоры тогда были весьма суровые.

Главаря мятежников с «Георгия Победоносца» машиниста 1-й статьи Дорофея Кошубу, который был ранен и пойман в Феодосии, расстреляли 23 сентября 1905 года.

О команде миноноски № 267 историки обычно умалчивают. Действительно, команда миноноски в ходе восстания ничем выдающимся себя не проявила и в полном составе вернулась из Румынии в Севастополь. Источники сведений о ней весьма бедны. Однако материалы следствия отдают должное первому революционному порыву матросов миноноски. «… Нельзя не прийти к заключению, — писал военно-морской судья полковник П.Л. Воеводский, — что с момента перехода броненосца 14 июня с Тендровского рейда в Одессу названная команда имела полную возможность отделиться от мятежной команды броненосца и передать миноносец в ведение одесских военных властей и что все последующие совместные ее действия и переходы с броненосцем из порта в порт происходили не иначе, как по доброй воле, при явном отсутствии непреодолимого принуждения со стороны команды броненосца».