Командир 128-й бригады кораблей Юрий Можаров был снят с должности и переведен на Север. Спустя некоторое время он стал начальником ПВО Северного флота и контр-адмиралом. Начальника политотдела дивизии Медведева тоже сняли с должности и перевели служить в одно из ленинградских военно-морских училищ.

Был уволен в запас командир бригады пограничных катеров, капитан 1-го ранга А.С. Нейперт, получивший приказ командующего Прибалтийским пограничным округом генерал-лейтенанта К. Секретарева немедленно открыть огонь на поражение и уничтожить корабль, но якобы затянувший с его выполнением. Если верить документам, то никакой задержки в открытии огня у пограничников не было. Им действительно дали команду на применение оружия, но потом тут же отменили. Возможно, Нейперта просто вскоре уволили по выслуге лет, а «оппозиционером» его сделали опять же досужие журналисты. Это было весьма заманчиво, т.к. Нейперт по национальности был латышом, ну а обиженный советской властью латыш, пусть даже и с погонами капитана 1-го ранга КГБ, лишний повод для недовольства властью.

В отношении еще 6 офицеров и 11 мичманов «Сторожевого» были возбуждены уголовные дела, однако они были оправданы, хотя все были подвергнуты взысканиям по служебной и партийной линиям.

Вспоминает вице-адмирал А.И. Корниенко: «После длительного расследования освободили всех офицеров и мичманов. Многих из них разжаловали, других назначили с понижением. Большинство уволили в запас. Матросов и старшин демобилизовали... Всем уволенным офицерам предоставили жилье, жене Саблина в Калининграде выделили квартиру, одно время она работала официанткой в ресторане “Москва”. Сын Саблина поступил в высшее военно-морское училище».

Относительно жены я ничего сказать не могу, но что касается сына, то в журналистских очерках писалось, что он стал биологом.

Как бы то ни было, но советская власть не чинила ему никаких препятствий в получении высшего образования и дальнейшей карьере.

Впрочем, «синдром “Сторожевого”» еще много лет отравлял жизнь флотских офицеров — и строевых, и политработников. Отныне большие начальники и особисты относились ко всем остальным с повышенным подозрением, считая, что лучше лишний раз перестраховаться.

Досталось на орехи и летчикам. Едва операция по перехвату «Сторожевого» была закончена, авиационные начальники начали «разбор полетов» в переносном и прямом смысле.

Любопытно, что, разобравшись во всех деталях события, начальник Главного политическою управления СА и ВМФ генерал армии Епишев сказал участвовавшему в освобождении командира корабля главному корабельному старшине А. Миронову: «Вы достойны награды, но мы не можем обнародовать позор. Поэтому вы будете уволены в запас». Однако вскоре главного корабельного старшину не только не наградили, но, наоборот, как и всех остальных старшин «Сторожевого», разжаловали в матросы. Увы, к сожалению, у нас бывает и так...

Впоследствии бывший главный корабельный старшина Александр Миронов работал на Кишиневском тракторном заводе, в пожарной охране. В 1992 году принимал участие в боевых действиях по защите Приднестровья, был награжден боевыми наградами. О дальнейшей судьбе еще двух отважных моряков «Сторожевого» Алиева и Копылова у автора сведений нет.

Вспоминает контр-адмирал в отставке В.Т. Лосиков: «Уже после событий на “Сторожевом” мы начали отбор делегатов на очередной съезд КПСС. Нашей дивизии было велено отобрать лучшего командира корабля. Перебрав все кандидатуры, я остановился на командире ВПК “Достойный” капитане 2-го ранга Альфреде Никитиче Ильине. Родом он был из латышей, а его дед — красный латышский стрелок, охранял Ленина. По всем позициям Ильин был лучшей кандидатурой, но когда я его предложил ЧВСу Сорокину, тот сказал, что Ильина посылать делегатом нельзя.