Багиров много лет проработал в руководстве ЧК — ГПУ, но не раз подвергался взысканиям и другим наказаниям, в том числе за взяточничество и избиение арестованных во время работы. В феврале 1921 года Багиров стал председателем ЧК Азербайджанской ССР, затем он был назначен председателем ГПУ Азербайджанской ССР, одновременно занимая пост наркома внутренних дел Азербайджана и заместителя Председателя СНК Азербайджанской ССР. 15 декабря 1933 года Багирова избрали первым секретарем ЦК КП Азербайджанской ССР. Этот высокий пост он занял при участии Берии и при одобрении Сталина. Так, доктор исторических наук, профессор Бакинского государственного университета Эльдар Исмаилов приводит воспоминания бывшего секретаря ЦК компартии Мира Гасана Сеидова: «Как рассказывал сам Багиров на заседании Политбюро, на котором обсуждалась его кандидатура, шел острый спор. Пара членов Политбюро упорно выступали против его кандидатуры. Причем ни один из выступавших против его кандидатуры не называл другой кандидатуры из азербайджанских кадров… Видимо, кто-то из них вынашивал идею снова направить сюда своего человека из Центра. Однако Сталин настоял на своем… Давая ему напутствия во время приема после заседания Политбюро, Сталин… сказал: «Азербайджаном должны править азербайджанцы. Это, кроме всего остального, имеет большое значение в плане международной политики партии. Не зря Ленин говорил, что Азербайджан является форпостом на Востоке, это ворота на Восток».

Из письма Берии к Серго Орджоникидзе:

«Два слова о Папулии. Говорил с ним несколько раз, даже людей посылал к нему повлиять на него. Предлагал ему самостоятельную работу наркома легкой промышленности, наркома труда, Закжелдорстроя (строительство Черноморки, Джульфинки и пр.).

Может быть, правда, с ним несколько угловато вышло, но так уж случилось. Уговаривал его долго, но ничего не помогало: отказывался от всякой работы, дулся, ругался и грозил объявить голодовку.

Сегодня говорил с ним снова, договорился с жел (езной) дорогой (т. Розенцвейгом), и Папулия согласился работать нач (альником) отдела контроля и исполнения Зак (авказских) жел (езных) дорог.

Думаю, что вопрос этим самым исчерпан.

Ваш Лаврентий Берия.

2 марта 1933 года».

Сталин в то время отзывался о нем так: «Берия производит хорошее впечатление. Хороший организатор, деловой, способный работник. Присматриваясь к закавказским делам, все больше убеждаюсь, что в деле подбора людей Серго — неисправимый головотяп. Серго отстаивал кандидатуру Мамулия на посту секретаря ЦК Грузии, но теперь очевидно (даже для слепых), что Мамулия не стоит левой ноги Берии».

В январе 1934 года первый прокурор СССР Иван Алексеевич Акулов отправил докладную записку в ЦК, в тексте которой были приведены вопиющие неоднократные случаи фальсификации следственных дел в органах ГПУ Грузии и Азербайджана, в том числе свидетельствующие о расправе над ни в чем не повинными людьми. В ответ занимавшие руководящие партийные посты в этих республиках (а ранее — руководившие теми самыми органами, так что не могущие быть не в курсе) Берия и Багиров направили встречное письмо Сталину, назвав обвинения ложью и в свою очередь обвинив Акулова в «преднамеренной клевете на Закавказскую Федерацию». Сталин принял сторону Берии — Багирова, и 3 марта 1935 года Акулов был утвержден секретарем ЦИК СССР, а пост прокурора СССР занял его заместитель Андрей Вышинский. 23 июля 1937 года Акулов был арестован, 29 октября Военной коллегией Верховного суда СССР приговорен к расстрелу и через несколько часов казнен (по некоторым данным, это случилось в 1939 году). Акулов был реабилитирован посмертно 18 декабря 1954 года.

Начало «чисток»

В 1935 году Берия и Багиров начали активно проводить «чистки» в подведомственных им республиках.