Научные объяснения автора-составителя сборника не смогли уберечь книги от запрещения цензурой, сложности отношения с которой беспокоили ученого еще при подготовке публикации. Так, в письме к Е. И. Якушкину в ноябре 1859 года Афанасьев писал: «В настоящее время я сижу за легендами; половина уж в цензуре (у Наумова) и пропущена весьма хорошо; на-днях отдам и остальную, а там и за печать. Должно пользоваться обстоятельствами и ковать железо, пока горячо, а то с Николою, Ильей-пророком и другими святыми чего доброго и застрянешь где-нибудь» . Нетрадиционность представлений народного «двоеверного» христианства, прозвучавших в опубликованных легендах, вызвала протесты духовенства, издание было запрещено.

Новое издание сборника легенд, сразу ставшего библиографической редкостью, оказалось возможным лишь спустя полвека. В конце 1913 года эти легенды были напечатаны в Москве в книгоиздательстве «Современные проблемы» под редакцией С. К. Шамбинаго (повторно — в 1916); в 1914 году — в Казани в издательстве «Молодые силы» под редакцией И. П. Кочергина. Переиздания не избежали некоторых досадных недочетов: так, в московском издании 1913 года оказались выпущенными примечания к текстам, начиная с № 22. Прочно вошедшее в научный оборот казанское издание — лучшее, хотя и ему не удалось уберечься от некоторых опечаток в текстах легенд. Кроме легенд, в этом издании, посвященном памяти А. Н. Афанасьева, были напечатаны его автобиографические воспоминания, перечень трудов Афанасьева, им самим составленный, глава из «Истории русской этнографии» А. Н. Пыпина, посвященная рассмотрению научных воззрений А. Н. Афанасьева и оценке его трудов по изучению русской народности и старины, а также другая работа А. Н. Пыпина — отклик на выход в свет первого издания «Народных русских легенд» собрания А. Н. Афанасьева — статья о легенде, которая и сегодня не утратила научного интереса. Все эти издания давно стали библиографической редкостью.

Тексты сборника А. Н. Афанасьева «Народные русские легенды» печатаются нами по первому московскому изданию 1859 года, но принят предложенный в казанском издании 1914 года способ расположения материала внутри сборника: примечания к каждому номеру, которые в первом издании у Афанасьева помещены отдельно в конце книги, здесь печатаются сразу за текстом самой легенды. Так как примечания в большинстве своем содержат тексты легенд, являющихся вариантами, параллелями к основной публикуемой, и пояснения к ним, то такое расположение более удобно при пользовании книгой. Примечания к текстам дополнены «Указателем сюжетных типов легенд настоящего издания сборника А. Н. Афанасьева» по «Сравнительному указателю сюжетов. Восточнославянская сказка» (Сост. Л. Г. Бараг, И. П. Березовский, К. П. Кабашников, Н. В. Новиков. Л., Наука, 1979).

Кроме того, в предлагаемой публикации перепечатывается статья А. Н. Пыпина «Народные русские легенды (По поводу издания г-на Афанасьева в Москве 1860 г.)» об истории и общем направлении в развитии народной легенды, ее связях с легендой литературной — древнерусской и западноевропейской и воспоминания А. Н. Афанасьева о детстве и годах обучения в Московском университете.