Почти все репрессии по «ленинградскому делу» проводились по общему сценарию. Вначале выдвигались обвинения в разного рода хозяйственных нарушениях, мелких злоупотреблениях или даже личной нескромности. Обвиненного снимали с работы и исключали из партии. Вокруг него возникала зона отчуждения. Только через 2–3 месяца следовал арест с предъявлением политических обвинений. По такой «схеме» шли дела и в Карелии. Найти разного рода недостатки в хозяйственной деятельности здесь было нетрудно: республике не удавалось в 1947–1949 годах выполнить план по заготовкам древесины. Комиссия выдвинула против Куприянова обвинения в хозяйственных злоупотреблениях и в корысти. Обвинения в адрес второго секретаря ЦК Карелии были не столь серьезны, и Андропов должен был председательствовать на Пленуме ЦК КП(б) Карело-Финской ССР, состоявшемся 24–25 января 1950 года по «делу Куприянова». У Андропова имелся не слишком большой выбор. Он мог выступить с защитой Куприянова и очень скоро разделить его судьбу. Он мог промолчать, найти отговорки, сослаться на незнание дела. Наказание и в этом случае было бы неизбежным. Я наблюдал подобные ситуации в Ленинградском университете, где учился в 1946–1951 годах и где десятки профессоров и преподавателей оказались жертвами «ленинградского дела». Андропов выбрал третий путь. Он выступил с унизительной самокритикой и поддержал все обвинения в адрес Куприянова. Недавний генерал был снят с поста первого секретаря и выведен из Бюро ЦК КП(б) Карелии. Через два месяца он был арестован и вскоре приговорен по статье 58 УК к 25 годам лишения свободы. Занимать в тоталитарной системе высокий пост и не предавать время от времени своих друзей, соратников или просто ни в чем не повинных людей было невозможно. Здесь каждый сам делал свой выбор и каждый сам искал оправдания своим прегрешениям. Куприянов не погиб в лагерях. Он вышел на свободу в 1956 году, был полностью реабилитирован и работал до конца жизни директором дворцов-музеев и парков города Пушкина Ленинградской области. Ему помог Никита Хрущев.

Позднее Андропов рассказывал своим помощникам и консультантам, что именно Отто Куусинен спас его от серьезных неприятностей в 1950 году. В 1967 году, оказавшись Председателем КГБ, Андропов попросил принести ему «дело Куприянова». Фальсификации были очевидны, но ни Куприянов, ни другие арестованные не отказывались называть Андропова среди своих «соучастников».

Не только репрессии 1950 года преподали Андропову тяжкий урок политического приспособления. Было немало и других факторов, учивших его осторожности и скрытности в политической деятельности. Карелия являлась тогда самым важным в стране центром лесной, деревообрабатывающей и целлюлозно-бумажной промышленности. Здесь добывалась также железная руда и большое количество нерудных строительных материалов. Однако значительную часть рабочей силы в республике составляли заключенные. Еще при строительстве знаменитого Беломорско-Балтийского канала в Карелии начала создаваться густая сеть лагерей. В 40-е годы «Карлаг» стал одним из крупнейших «островов» «Архипелага ГУЛАГ». Андропов не мог заниматься экономикой республики без постоянного контакта с руководителями НКВД — МВД — МГБ.

С конца 40-х годов началось значительное расширение аппарата ЦК КПСС. С благословения О. Куусинена Андропов перебрался в Москву. Закончив Высшую партийную школу, он стал работать инспектором в ЦК КПСС.