Население Забайкалья часто страдало от произвола местных начальников. Когда Кукелю стало известно о невероятном беззаконии, творимом заседателем Верхнеудинского земского суда, было решено отправить Кропоткина для расследования. Приехав в Верхнеудинск, Кропоткин обнаружил, что ретивый заседатель, возомнивший себя властелином края, грабил крестьян. Под розги попадал любой неугодны. Заседатель держал без срока в остроге тех из привлеченных по уголовным делам, кто отказывался дать ему взятку. У этого самодура и взяточника были всесильные покровители и в Иркутске и даже в Петербурге, поэтому Кукелю справиться с ним было непросто. Требовалось собрать убедительные факты о его произволе. Этим и занялся Кропоткин. Две недели он прожил среди крестьян. Запуганные, они не сразу шли на откровенные разговоры. Но молодому общительному бородачу удалось заслужить их доверие - собранные Кропоткиным материалы оказались убийственными для зарвавшегося чиновника, и он принужден был подать в отставку. Правда, через несколько месяцев в Чите с возмущением узнали, что вскоре его назначили исправником на Камчатку, где возможностей «развернуться» было еще больше, чем в Забайкалье. Все же выдворение его из Сибири в 1862 году было первой своего рода политической победой Кропоткина, убежденного, что на всех ответственных должностях должны стоять люди честные и преданные своему делу.

Осенью 1862 года в Чите все ждали известий о том, что в Петербурге будет объявлена конституция, проекты которой давно разрабатывались специальной комиссией, учрежденной Александром II. И хотя до сибирских городов новости доходили с опозданием на полтора, а то и два месяца, к концу октября, когда пришли столичные газеты от начала сентября, в которых о конституции не было ни слова, стало понятно, что обмануты даже самые умеренные ожидания. Сибирь далеко от столицы, и начатая Кукелем деятельность по созданию проектов реформ продолжалась, когда в центре все уже прекратилось. Вместе с помощником забайкальского губернатора полковником К. Н. Педашенко, адъютантом военного округа А. Л. Шанявским) основавшим впоследствии народный университет в Москве (и страстным патриотом Сибири Н. М. Ядринцевым Кропоткин активно работал над проектами реформ тюрем, системы ссылки и городского самоуправления.

Кукель верил в конечную победу справедливости: правительство вернется к реформам. «Мы живем в великую эпоху: работайте, милый друг», - говорил он Кропоткину.

Очень полезными для Кропоткина оказались беседы с декабристами Завалишиным и Горбачевским. Довелось познакомиться и с «новой волной» политических ссыльных. Вторая командировка по поручению Кукеля была связана с отбывавшим каторжные работы за составление прокламации «К молодому поколению» Михаилом Михайловым, революционным поэтом и публицистом. В 1861 году он был приговорен к шести годам каторги, и сослан на рудники, близ Нерчинского завода. Забайкальские власти разрешили очень слабому здоровьем Михайлову оставаться в тюремном госпитале, а Кукель позволил ему жить у брата, горного инженера. Но в столицу полетел донос, и в Читу прибыл для расследования жандармский генерал. Его решили ненадолго задержать в Чите, соблазнив удачами в карточной игре, пока Кропоткин съездил к Михайлову и предупредил его о необходимости на время вернуться в тюремный госпиталь. Все было сделано наилучшим образом, никаких репрессий не последовало, и жизнь Михайлова хоть на какой-то срок была продлена; он умер от чахотки в августе 1865 года.