После окончания войны, и особенно в 1946–1947 годах, возник не очень широко известный конфликт Сталина с высшим генералитетом, который чаще всего объясняют ревностью Сталина, желавшего присвоить себе все лавры военных побед и бессмертную славу «величайшего полководца». При этом главное внимание обращают на то, что маршал Г. К. Жуков, назначенный после возвращения из Германии в апреле 1946 года на пост Главнокомандующего сухопутными войсками СССР, был в 1947 году переведен командовать Одесским военным округом. Большое недовольство среди маршалов и генералов вызвало назначение на пост министра обороны СССР Н. А. Булганина, человека гражданского, работавшего в основном на партийных и советских постах. В предвоенный период, в 1938–1940 годах, Булганин работал председателем правления Госбанка СССР. Уважением военных Булганин никогда не пользовался.

Однако конфликт Сталина с генералитетом, а не только с Жуковым, освещался неверно. Несколько прославленных маршалов и генералов пострадали значительно сильнее Жукова. Любимец Сталина, Главный маршал авиации А. Е. Голованов был в 1947 году уволен из армии и получил небольшой пост в аэропорту Внуково. Командующий кавалерийско-танковым корпусом генерал-лейтенант Владимир Крюков, отличившийся в наступлениях последней фазы войны в Польше и в Германии, был в 1946 году арестован и осужден на 25 лет лишения свободы вместе со своей женой, известной всей стране певицей и народной артисткой Лидией Руслановой. Никто тогда не знал, почему знаменитая певица оказалась в ГУЛаге. Список генералов и маршалов, отправленных в различные военные округа на более скромные должности, можно было бы продолжить.

Этот конфликт был связан не столько с ревностью Сталина при разделе военной славы, сколько с генеральскими увлечениями по вывозу в личную собственность трофейного имущества из Германии, главным образом картин известных мастеров и других ценностей, которые не сдавались в Государственное хранение (Гохран), а присваивались. Маршал Голованов вывез из Германии по частям весь загородный дом-виллу Геббельса, причем это было сделано с помощью находящейся под его командованием авиации дальнего действия. Генерал В. В. Крюков и его жена Русланова вывезли из Германии 132 подлинных живописных полотна и огромное количество других ценностей. Маршал Жуков, бывший в 1945–1946 годах командующим всеми советскими оккупационными войсками в Германии, также не оказался устойчивым к общему увлечению вывозом в собственность немецких трофеев. Агенты МГБ, осуществившие по личному распоряжению Сталина тайный обыск квартиры и дачи Жукова, обнаружили там не только склад трофейных ковров, мехов, золотых часов и прочей «мелочи», но и «55 ценных картин классической живописи в художественных рамках», часть которых, как было определено, была «вывезена из Потсдамского и других дворцов и домов Германии». Копия доклада об этом обыске, представленного в январе 1948 года Сталину министром МГБ Виктором Абакумовым, была обнаружена в архивах КГБ историком Павлом Кнышевским, изучавшим проблему германских репараций и трофеев.

Находки такого рода продолжались еще много лет после смерти Сталина. В 1945 году генерал Иван Серов, заместитель наркома внутренних дел, отвечал в Германии и за судьбу трофейного имущества. Серов был «человеком Хрущева», а не Берии. С 1938 года и до начала войны Серов был начальником НКВД Украины. В 1954 году Хрущев назначил И. А. Серова председателем вновь созданного КГБ.