Другой устойчивой страстью Федора Алексеевича стали лошади. По обычаю царевичей, его посадили на большого игрушечного росписного коня, как только младенцу исполнился 1 год. Эта коняшка стояла в комнатах царевича, в починенном и обновленном виде, по крайней мере, до 11 лет. Тогда у Федора Алексеевича были уже «потешные сани, обиты исподом собольим пластинчатым», и узда; нарядное седло к игрушке было сделано в 1674 г.

Настоящие лошади, сбруя, кареты и возки всех видов держались для царской семьи на Конюшенном дворе. Его глава — ясельничий — бывал обычно не из первых родов, но мог весьма выдвинуться. Маленького Федора Алексеевича тешил учеными конями ясельничий Иван Афанасьевич Желябужский (известный дипломат и мемуарист) — эта его служба (1664–1668) окупилась важными и почетными должностями в царствование Федора и правление Софьи.

Под руководством ясельничего Ф.Я. Вышеславцева были достигнуты удивительные успехи в дрессировке. Лошади «показывали много фокусов» наподобие ученых собак и обезьян, кланялись и плясали тройками, четверками, шестерками, лучшие иноходцы рысью обходили коней, скачущих галопом. 75 верховых и 200 каретных коней ежедневно мылись с мылом (зимой теплой водой) и «блестели как зеркала». Специально для детских «потешных» карет и саней держали (помимо аргамаков, арабских, персидских, шведских и других пород лошадей) две четверки пони «ростом с английских догов» (в шутку к ним были приставлены карлики — кучер, ямщик и шесть алебардщиков).

Пони были для малышей — подросшим царевичам давали лучших (предварительно хорошо выезженных) коней. Это не спасало от происшествий. Рассказывали, например, что «Федор, будучи на тринадцатом году, однажды собирался в пригороды прогуливаться с своими тетками и сестрами в санях. Им подведена была ретивая лошадь: Федор сел на нее, желая быть возницей у своих теток и сестер. На сани насело их так много, что лошадь не могла тронуться с места, но встала на дыбы, сшибла с себя седока и сбила его под сани. Тут сани всей своей тяжестью проехали по спине лежащего на земле Федора и измяли у него грудь, от чего он и теперь (в 1676 г.) чувствует беспрерывную боль в груди и спине».

Федор Алексеевич сохранял любовь к лошадям всю жизнь. Хотя иностранцы не уставали восхищаться царскими конюшнями, фанатику коннозаводства Федору казалось, что породы недостаточно хороши и разнообразны. Почти сразу по вступлении на престол, 31 марта 1676 г., он через незаменимого Б. М. Хитрово выменял белого голландского жеребца у посла Генеральных штатов Нидерландов Кунраада фан Кленка и впоследствии выписывал лошадей из Западной Европы.

Весной — летом 1676 г. новый царь полностью обновил руководство Конюшенного приказа. Потомственному коневоду ясельничему Ивану Тимофеевичу Кондыреву он дал чин думного дворянина (7 июня), а через год сделал окольничим (8 июня 1677 г.). Судя по дворцовым разрядам (записям о службах при дворе), четверо из рода Кондыревых, включая ясельничего, бывали в походах с Федором Алексеевичем и его семьей 41 раз — чаще, чем большинство знатнейших боярских родов. После воцарения Ивана Алексеевича в 1682 г. Иван Тимофеевич первым из своей фамилии получил боярство, а после женитьбы царя Ивана боярином стал и его брат Петр.