Единственной причиной возникновения подобного непорядка, развращавшего воспитанников лицея, являлась, по его мнению, несоответствующая система преподавания естественного права, которая осуществлялась со стороны младшего профессора права Н. Г. Белоусова. На заседании педагогического совета он обвинил Н. Г. Белоусова в прочтении лекций по записям, следовавшим духу „опасной философии Канта“, „…хотя и предписано преподавать здесь по системе г-на Демартини“. Не утверждает ли Н. Г. Белоусов, что человек рождается свободным и что он имеет не только обязанности, но и права? Что в таком случае делать с прародительской практикой крепостничества? Можем ли мы требовать служения императору, проповедуя независимость человеческого духа? Куда движется Россия и куда пойдет мир, если продолжать сеять семена бунта в молодые головы, – риторически возмущался М. В. Билевич.

Директор гимназии К. В. Шапалинский, предпринимая всевозможные увертки, пытался замять это дело, но М. В. Билевич упрямо настаивал на своем. Через год К. В. Шапалинского сменил новый директор Д. Е. Ясновский, который сразу же ополчился против преподавателя естественного права Н. Г. Белоусова. По „делу свободомыслия“ в Нежине на него была заведена административная бумага. Педагогический совет тщательно одну за одной перепроверил все записи пансионеров. Среди вещественных доказательств обвинения были приведены и тетради Николая Гоголя. В них также обнаружили вызывающие беспокойство фразы. Николай Гоголь был вызван на допрос в качестве свидетеля. Он пытался спасти Н. Г. Белоусова, сводя на нет обвинения против своего преподавателя. Но даже симпатия, которую учащиеся проявляли к Н. Г. Белоусову, вызывала у проверяющих подозрение. За спиной лицеистов они усматривали надвигающееся пугало Французской революции. Им чудилось, что в ящиках или по крайней мере в головах учащихся несомненно имелись памфлеты против существующего режима. Не зарождается ли таким образом в России новое тайное сообщество? И они стремились без всякого промедления принять меры по изничтожению этой угрозы. Директор лицея К. В. Шаплинский вместе с преподавателями И. Я. Ландражиным и Ф. О. Зингером открыто поддержали Н. Г. Белоусова, опровергая утверждения М. В. Белевича по поводу злоумышленного влияния на молодежь. Рапорт по данному разбирательству был направлен министру народного просвещения.

Несмотря на то, что эти события касались лишь преподавательской среды, отрицательные последствия этих разборок отрицательно сказались и на отношении воспитанников лицея к своим занятиям. Николай Гоголь учил свои уроки без увлечения и не вникая в их содержание. И грамматика, и синтаксис вызывали у него только одно отвращение. Писал он интуитивно с непростительными ошибками, подражая вычурному тону некоторых прозаиков того времени. Весь сентиментальный пафос его был положен в угоду моде и заимствован из „Бедной Лизы“ Карамзина и использовался им даже при написании писем и выполнении домашних заданий. Только его сердце могло быть определителем и стиля, и содержания его каракулей. Это своеобразие манеры его письма объяснялось, прежде всего, его тяготением к редким словам и сравнительным прилагательным.

„Как теперь вижу этого белокурого мальчика в сером суконном сюртучке, с длинными волосами, редко расчесанными, молчаливого, как будто затаившего что-то в своей душе, с ленивым взглядом, с довольно неуклюжею походкою, никогда не знавшего латинского языка, – писал его преподаватель латыни И.