На привилегию, выданную православным, со стороны латино-униатской партии последовала протестация, подписанная всеми присутствовавшими в Варшаве бискупами, а также некоторыми сановниками и послами (в числе 51 подписи). Подобная же протестация явилась потом и со стороны папского нунция. Эти протестации не имели юридического значения, т. е. не могли уничтожить законную силу сеймовой конституции; но они вновь возбуждали религиозную враждуй, ослабляя уважение к новоизданному закону, подготовляли или заранее оправдывали неповиновение, могущее встретиться при его исполнении. И действительно, когда королевские комиссары начали свой объезд для распределения церквей между униатами и православными, то они встретили немалые затруднения своему делу, а иногда и открытое сопротивление. Нередко случалось, что жители, уже считавшиеся в унии, быв привлечены к ней угрозами и насилием, теперь при опросе их комиссией объявляли себя православными. Таким образом в иных местах происходило массовое отпадение народа от унии и возвращение в православие. Разумеется, латино-униатские власти были тем крайне недовольны, обвиняли комиссаров в пристрастии и неправильном ведении дела, заносили свои протесты в судебные книги и даже прямо сопротивлялись отдаче церквей православным. Особенным фанатизмом отличился униатский холмский епископ Мефодий Терлецкий. В самом Холме он не соглашался уступить ни одной церкви; а когда комиссары велели сломать замки у храма Успения Преев. Богородицы и передали его православным, Терлецкий отправился с толпою католиков и униатов и, в свою очередь, отнял храм обратно. Православные тогда хотели соорудить себе новую церковь; но едва началась постройка, как Мефодий силою захватил приготовленный материал и самое место, назначенное для церкви. Своими притеснениями он довел жителей Холма до того, что они почти все перешли в унию. Такими же средствами он действовал во всей своей епархии. С другой стороны, и среди православного духовенства также встречаются лица, действовавшие с не меньшею энергией и ревностью. Например, таков был луцкий писарь Семен Гулевич, избранный на кафедру Перемышльской епископии. По вышеприведенной сеймовой конституции, эта кафедра могла перейти к нему только после смерти униатского епископа Афанасия Крупецкого; а до того времени в его распоряжение назначены монастырь Св. Спаса и еще две обители с их имуществами. Не надеясь, чтобы Крупецкой добровольно уступил ему Спасский монастырь, Гулевич особыми призывными грамотами к известному дню собрал из своей епархии несколько тысяч православных. Толпа эта внезапно напала на монастырь, разрушила его ограду, завладела келиями и всем монастырским имуществом, разбила церковные двери и ввела в храм Гулевича, а запершегося там Крупецкого едва не убила.

Вообще постановленный сеймом раздел церквей между униатами и православными, вместо успокоения, вызвал жестокие столкновения и еще более обострил их отношения. Под давлением жалоб и криков, поднятых латино-униатской партией, сам король вынужден был изъявить свое неодобрение действиям комиссаров, и некоторые отобранные в пользу православных церкви приказал возвратить униатам. Но он все еще не покидал мысли о примирении враждующих сторон и с этой целью в том же 1636 году возобновил проект, явившийся при Сигизмунде III: взаимными уступками привести униатов и православных к соглашению и соединить их в одну церковь под главенством собственного Западнорусского патриарха. Кандидатом на эту патриаршую кафедру, очевидно, намечен был не кто другой, как киевский митрополит Петр Могила, который, как известно, в бытность свою печерским архимандритом благосклонно относился к идее примирения православия с унией. Но теперь, в сане митрополита, он убедился, что при таком внешнем примирении Православная церковь в действительности будет порабощена папскому престолу.