Что чисто физиологическое значение органа не определяет его классификационного значения, почти доказано тем, что в близких группах один и тот же орган, который, как мы имеем все основания предполагать, имеет почти одно и то же физиологическое значение, обладает весьма различным классификационным значением. Нет натуралиста, который, проработав долгое время над какой-либо группой, не был бы поражен этим фактом, и это вполне признается в работах почти всех авторов. Достаточно сослаться на такой высокий авторитет, как Роберт Браун (Robert Brown), который, говоря о некоторых органах Proteaceae, замечает, что их значение как родовых признаков, «подобно значению всех других частей, не только в этом, но, как мне кажется, во всяком естественном семействе, весьма неодинаково и в некоторых случаях как бы совершенно утрачено». В другой работе он также говорит, что родовые группы Connaraceae «разнятся между собой по присутствию у них одной или более завязей, по присутствию или отсутствию белка, по створчатому или чешуйчатому почкосложению. Каждый из этих признаков часто имеет более чем родовое значение; но в этой группе, даже взятые все вместе, они оказываются недостаточными для того, чтобы отделить род Cnestis от рода Connarus». Возьмем пример из класса насекомых: в одном из больших подразделений перепончатокрылых антенны, по замечанию Уэствуда (Westwood), весьма постоянны по своему строению, в другом разнятся очень сильно, но эти различия имеют совершенно второстепенное значение в классификации; и, однако, никто не скажет, что физиологическое значение антенн у насекомых этих двух подразделений одного и того же отряда различно. Можно бы привести еще ряд примеров, доказывающих, что известный важный по своим функциям орган имеет весьма различное значение для классификации в пределах одной и той же группы существ.

Далее, никто не скажет, что рудиментарные или атрофировавшие органы имеют большое физиологическое или жизненное значение; однако несомненно органы в подобном состоянии часто имеют большое значение для классификации. Никто не будет спорить против того, что рудиментарные зубы в верхней челюсти молодых жвачных и некоторые рудиментарные косточки ноги весьма важны для доказательства близкого родства жвачных с толстокожими. Роберт Браун сильно настаивал на том, что положение рудиментарных цветков очень важно для классификации злаков.

Можно бы привести многочисленные примеры того, что признаки частей, имеющих весьма малое физиологическое значение, по общему признанию весьма пригодны для характеристики целых групп. Например, присутствие или отсутствие открытого прохода от ноздрей к ротовой полости, представляющего собой, по Оуэну, единственный признак, безусловно, отделяющий рыб от пресмыкающихся; загнутый внутрь угол нижней челюсти у сумчатых; способ складывания крыльев у насекомых; окраска у некоторых водорослей; волоски на частях цветка у злаков; характер кожного покрова, каковы перья и волосы у позвоночных.