Как мы видели, все современные и когда-либо существовавшие организмы могут быть распределены в пределах нескольких больших классов в подчиненные группы, причем вымершие группы нередко занимают положение между современными группами; этот факт вполне понятен с точки зрения теории естественного отбора с ее необходимыми последствиями – вымиранием и дивергенцией признаков. На основании тех же принципов мы видим, почему взаимное родство форм в каждом классе представляется таким сложным и окольным. Мы видим, почему некоторые признаки значительно более пригодны, чем другие, для целей классификации; почему адаптивные признаки, весьма важные для обладающих ими существ, вряд ли имеют какое-либо значение для классификации; почему признаки, относящиеся к рудиментарным частям, хотя совершенно бесполезны для обладающих ими существ, часто так ценны для классификации и, наконец, почему эмбриональные признаки нередко представляются наиболее ценными. Истинное родство всех органических существ, в отличие от их сходства в адаптациях, зависит от наследственности или общности происхождения. Естественная система – не что иное, как генеалогическое распределение существ, причем приобретенные ими степени различия определяются терминами «разновидности, виды, роды, семейства» и т. д.; и мы должны раскрыть эти линии родства при помощи наиболее постоянных признаков, каковы бы эти признаки ни были и как бы ни было ничтожно их значение для жизни.

Сходный набор костей в руке человека, крыле летучей мыши, плавнике дельфина и ноге лошади, одинаковое число позвонков, образующих шею жирафы и слона, и бесчисленные другие подобные факты сразу становятся нам понятными с точки зрения теории общности происхождения, сопровождаемого медленными и незначительными последовательными модификациями. Сходство в основном строении крыла и ноги летучей мыши, функции которых совершенно различны, челюстей и ног краба, лепестков, тычинок и пестиков цветка также в значительной степени понятно с точки зрения постепенного превращения частей или органов, первоначально друг с другом сходных у какого-нибудь отдаленного предка каждого из этих классов. Согласно тому принципу, что последовательные вариации не всегда проявляются в раннем возрасте и наследуются в соответствующем позднем периоде жизни, мы можем ясно понять, почему зародыши млекопитающих, птиц, пресмыкающихся и рыб так поразительно между собой сходны, между тем как взрослые формы так различны. Нас не будет более удивлять, что зародыши дышащих воздухом млекопитающих или птиц имеют жаберные щели и артериальные дуги, подобно рыбам, дышащим воздухом, растворенным в воде, при помощи хорошо развитых жабер.

Неупотребление, иногда при содействии естественного отбора, нередко приводило к редукции органов, ставших бесполезными при смене образа жизни или жизненных условий; отсюда нам становится понятным значение рудиментарных органов. Но неупотребление и отбор будут обычно действовать на каждое существо, достигшее зрелости и принимающее полностью участие в борьбе за существование, и таким образом будут оказывать мало влияния на орган в течение раннего периода развития; следовательно, орган не будет редуцироваться или становиться рудиментарным в этом раннем возрасте. Так, например, теленок унаследовал зубы, которые никогда не прорезываются сквозь десны верхней челюсти, от древнего предка, имевшего вполне развитые зубы, и мы можем предположить, что зубы взрослого животного когда-то редуцировались вследствие неупотребления благодаря тому, что язык, нёбо или губы силою естественного отбора сделались в высшей степени приспособленными к ощипыванию травы без помощи зубов; между тем у теленка зубы, лишенные деятельности и на основании принципа унаследования в соответственном возрасте, наследуются с отдаленных времен до настоящего дня. С той точки зрения, что каждый организм со всеми его частями был специально создан, совершенно непонятно, каким образом так часто могут встречаться органы, бесполезность которых очевидна, такие, например, как эмбриональные зубы у теленка или сморщенные крылья под спаянными надкрыльями многих жуков.