России пора было иметь своих русских профессоров, которые читали бы лекции не на латинском, а на русском языке. Правительство решило основать «профессорский институт», готовящий русских профессоров-медиков. Лучших из Московского университета посылали в Дерпт. Пирогов был в числе лучших. Получив лекарский диплом, он решил посвятить жизнь анатомии.

Но судьба распорядилась иначе — судьба в лице профессора Е. О. Мухина. Не то чтобы обстоятельства навеки оторвали Пирогова от избранного — всю свою жизнь он занимался анатомией; обстоятельства как бы прикрепили его к неизбранному, к незаинтересовавшему в годы студенчества предмету — к хирургии. К счастью для него самого, для русской и мировой науки.

Когда Мухин предложил Пирогову ехать в Дерптский университет, а оттуда — за границу, готовиться к профессорской деятельности, он одновременно потребовал назвать специальность, по которой Пирогов желает заниматься (таковы были условия для зачисления в «профессорский институт»). Тут бы Пирогову и назвать анатомию. Но он назвал… физиологию. Почему?

«А потому, что я знал уже о кровообращении, знал, что есть на свете химус и хилус; знал и о существовании грудного протока; знал, наконец, что желчь выделяется в печени, моча — в почках, а про селезенку и поджелудочную железу не я один, а и все еще немногое знают; сверх этого, физиология немыслима без анатомии, а анатомию-то уже я знаю, очевидно, лучше всех других наук».

Никто не внушал ему этого в университете, где физиология была как бы сама по себе, хотя и должна была бы опираться всеми своими корнями на анатомию, но он считал: физиология немыслима без анатомии, а уж анатомию-то он вызубрил назубок.

Так и назвал бы анатомию! Боялся обидеть Мухина. Мухин, который помог ему, четырнадцатилетнему юнцу, без законченного среднего образования, попасть в университет; Мухин, кумир его детства, в которого он играл, изображая врача, после того как Мухин вылечил его брата; Мухин, который и тут, в посылке его в Дерпт, сыграл, видно, немалую роль — Мухин-то был физиологом! И даже когда ему ответили, что физиология не входит в круг избираемых для будущих профессоров специальностей, он все равно не назвал анатомию: сказал, буду хирургом…

Причину объясняем сам Пирогов: хирургия еще более, чем физиология, должна быть связана с анатомией, кроме того, избрав хирургию, не будешь иметь всю жизнь дело с одними только трупами — будешь оперировать живых людей, получишь возможность оправдать свой диплом.

С тем и уехал он в Дерпт, очень удачно попав там под опеку профессора Мойера — бывшего ученика знаменитого итальянского хирурга Антонио Скрапа, бывшего военного хирурга в войну 1812 года, прекрасного пианиста, лично знавшего Бетховена и вообще очень культурного человека. При всем при том Мойер, как его называет сам Пирогов, был «талантливым ленивцем», предпочитал операциям музицирование и милые литературные беседы с Жуковским, Языковым, Сологубом, часто бывавшими в его доме. Разгадав в Пирогове человека незаурядного и талантливого, Мойер сразу приблизил его к себе. И не только дома, где приобщал восемнадцатилетнего юношу к культуре, — в университете, в операционной, в клинике. Видно, уже тогда профессор Мойер учуял в Пирогове будущую замену себе, человека, способного возглавить после него хирургическую кафедру Дерптского университета. Так оно потом и было.

Будущим профессорам Мойер охотно предоставлял возможность самостоятельно вгрызаться в тайны медицинской науки, и русские лекари погрузились в работу. Пирогов с головой окунулся в анатомию — дорвался до возможности делать все своими руками: вскрывал, препарировал, что-то выискивал, что-то комбинировал. Читал жадно и неутомимо всю возможную и доступную литературу. Не была забыта и физиология — он экспериментировал на животных.