Федеральное агентство правительственной связи и информации при президенте Российской Федерации (ФАПСИ) было создано Указом президента РСФСР № 313 от 24 декабря 1991 года на базе выведенных из КГБ СССР Управления правительственной связи, 8-го Главного Управления (шифровального) и 16-го управления (дешифровка и перехват). Кроме того, в состав ФАПСИ вошли Государственный информационно-вычислительный центр при Государственной комиссии по чрезвычайным ситуациям (Госцентр СССР) с подведомственными ему организациями (НИИ «Ромб», НИИ «Энергия», НИЦ «Терминал», Научно-тематический центр) и Московский НИИ электротехники Научно-производственного объединения «Автоматика».

24 сентября 1992 года распоряжением президента Ельцина в составе ФАПСИ был учрежден научно-технический центр правовой информации «Система».

ФАПСИ было федеральным органом исполнительной власти, подведомственным непосредственно президенту. Правовую основу деятельности ФАПСИ составлял Закон РФ «О федеральных органах правительственной связи и информации» от 19 февраля 1993 года (с поправками и изменениями от 24 декабря 1993 года). В 1994 году было утверждено Положение о ФАПСИ. 3 апреля 1995 года вышел указ президента «О мерах по соблюдению законодательства в области разработки, производства и реализации шифровальных средств». Контроль над деятельностью ФАПСИ осуществляли Комитет по безопасности Государственной думы, Контрольное управление администрации президента и Счетная палата Минфина России.

В ведении ФАПСИ находились следующие вопросы:

— спецсвязь;

— криптографическая и инженерно-техническая безопасность шифрованной связи;

— разведывательная деятельность в системе спецсвязи;

— специнформобеспечение высших органов власти.

В соответствии с этими задачами строилась и структура агентства. К 2003 году в состав ФАПСИ входили:

1. Главное управление правительственной связи (ГУПС). Эта структура отвечала за обеспечение различными видами связи высших органов государственной власти РФ, силовых структур, ведущих предприятий оборонно-промышленного комплекса и других объектов, имеющих жизненно важное значение для безопасности нашей страны. Система правительственной связи охватывает около 300 городов и специальных объектов, обеспечивает телефонной связью более 20 тыс. абонентов и документальной связью — свыше 1600 органов государственной власти и организаций. В 79 городах функционируют комплексы радиосвязи с подвижными объектами, обслуживающие свыше 3 тысяч абонентов.

2. Главное управление безопасности связи (ГУБС). Создано на базе бывшего 8-го Главного Управления КГБ СССР. Занималось криптографической защитой информации. Работы в этом направлении проводятся Академией криптографии Российской Федерации, действующей при ФАПСИ, совместно с Российской Академией наук и рядом других отраслевых академий. Специалисты ФАПСИ осуществляли разработку и сопровождение шифровальной техники для заинтересованных ведомств, обеспечивают все министерства и ведомства криптографически качественными, надежно защищенными от несанкционированного доступа ключевыми документами. Силами спецслужбы осуществляется государственный контроль за обеспечением информационной безопасности во всех сетях специальной связи в России и ее учреждениях за рубежом. В пределах своей компетенции ФАПСИ осуществляло лицензирование и сертификацию в области защиты информации, проводило работы по проверке и защите особо важных помещений федеральных органов государственной власти и установленных в них технических средств с целью выявления и предотвращения утечки информации по техническим каналам.

3. Главное управление радиоэлектронной разведки средств связи (ГУРРСС). Создано на базе бывшего 16-го управления КГБ СССР. Занималось ведением внешней разведывательной деятельности в политической, экономической, военной и научно-технической сферах с использованием радиоэлектронных средств.