Особый отдел в классическом понимании обязан бороться со шпионажем против собственных войск и заниматься сбором информации о противнике при поддержке, разумеется, местного населения. Бокий, не только как начальник Особого отдела фронта, но и как «полномочный представитель на весь Туркестан», как член Туркестанской комиссии ВЦИК и СНК, отвечавший за советское строительство, не мог стоять в стороне от решения политических вопросов и морально нес ответственность за обращение с местным населением.

Туркестанская комиссия ВЦИК и СНК РСФСР была создана в октябре 1919 года по предложению Ленина и обладала полномочиями государственного и партийного органа. Просуществовала до середины августа 1922 года. Как указано выше, членом комиссии были Бокий и командующий Туркестанским фронтом Фрунзе. Необходимо сказать, что Бокий служил вместе с Фрунзе и на Восточном фронте. Они находились в доверительных и уважительных отношениях.

Любопытно письменное распоряжение Бокия по поводу неверного обращения сотрудников Особого отдела Туркестанского фронта с гражданским населением и заносчивости по отношению к различным местным учреждениям. Он предупреждает, что подобное поведение «будет рассматриваться как действие, направленное против советской власти, и караться самыми суровыми мерами».

В успешном разгроме армии Колчака и в удачных действиях Туркестанского фронта большая заслуга принадлежит Бокию. О его порядочности и объективности в те годы свидетельствует такой факт.

Леонид Сергеевич Вивьен (1887–1966), до 1917 года — актер Александринского театра Петербурга, в 1918–1920 годах — режиссер театрального отдела Петроградского Совета и инструктор двух передвижных трупп по обслуживанию фронтов Гражданской войны. В декабре 1919 года Особый отдел Туркестанского фронта направил в Туркестанскую ЧК предписание арестовать Вивьена, так как он подозревался в участии в контрреволюционной организации на этом фронте. После тщательной проверки обвинения с Вивьена были сняты, и он из-под стражи был освобожден.

Еще один пример неподкупности и принципиальности Бокия. В сентябре 1919 года Особый отдел арестовал сотрудника Сибирской ЧК Каюрова Александра Васильевича по обвинению в должностных преступлениях. Несмотря на ходатайство перед Лениным отца арестованного, старого большевика Василия Каюрова, заместителя начальника политотдела Пятой армии Восточного фронта (известного Бокию еще по подпольной работе в Питере), Каюров все-таки был уволен со службы в ЧК, на чем настоял Глеб Иванович.

Напряженная работа сказалась на здоровье Бокия. В очередной раз обострился туберкулез легких. В трудных фронтовых условиях он не мог лечиться традиционными методами и прибег к народным средствам Востока, перейдя к употреблению в пищу собачьего мяса.

Врачи отмечают, что при длительном течении туберкулеза (от 20 лет и более) реакция организма на болезнь многообразная и стойкая, возможно изменение характера человека, его личностных качеств. Появляются астенические, возбудимые и истерические проявления с повышенной сексуальностью. Эту болезнь Бокий приобрел, если можно так выразиться, еще в студенческие годы, когда начались материальные трудности, связанные со смертью отца. Он совмещал учебу с работой и продолжал подпольную революционную деятельность, сопровождавшуюся арестами, отбываниями наказаний в ссылках и тюрьмах, а это только усугубляло течение болезни.

Глеб Иванович, конечно, обращался за помощью к врачам, и одним из тех, кто много сделал для него, был Иван Иванович Манухин — доктор медицины, в дореволюционное время популярный врач Петербурга, лечивший многих литераторов, в том числе Мережковского и Горького. В июле 1917 года у него на квартире скрывался Ленин.

После октября 1917 года Манухин продолжал лечить знатных персон, спасал людей от арестов ЧК, способствовал их освобождению из тюрьмы.