Туркестанская комиссия ВЦИК и СНК РСФСР была создана в октябре 1919 года по предложению Ленина и обладала полномочиями государственного и партийного органа. Просуществовала до середины августа 1922 года. Как указано выше, членом комиссии были Бокий и командующий Туркестанским фронтом Фрунзе. Необходимо сказать, что Бокий служил вместе с Фрунзе и на Восточном фронте. Они находились в доверительных и уважительных отношениях.

Любопытно письменное распоряжение Бокия по поводу неверного обращения сотрудников Особого отдела Туркестанского фронта с гражданским населением и заносчивости по отношению к различным местным учреждениям. Он предупреждает, что подобное поведение «будет рассматриваться как действие, направленное против советской власти, и караться самыми суровыми мерами».

В успешном разгроме армии Колчака и в удачных действиях Туркестанского фронта большая заслуга принадлежит Бокию. О его порядочности и объективности в те годы свидетельствует такой факт.

Леонид Сергеевич Вивьен (1887–1966), до 1917 года — актер Александринского театра Петербурга, в 1918–1920 годах — режиссер театрального отдела Петроградского Совета и инструктор двух передвижных трупп по обслуживанию фронтов Гражданской войны. В декабре 1919 года Особый отдел Туркестанского фронта направил в Туркестанскую ЧК предписание арестовать Вивьена, так как он подозревался в участии в контрреволюционной организации на этом фронте. После тщательной проверки обвинения с Вивьена были сняты, и он из-под стражи был освобожден.

Еще один пример неподкупности и принципиальности Бокия. В сентябре 1919 года Особый отдел арестовал сотрудника Сибирской ЧК Каюрова Александра Васильевича по обвинению в должностных преступлениях. Несмотря на ходатайство перед Лениным отца арестованного, старого большевика Василия Каюрова, заместителя начальника политотдела Пятой армии Восточного фронта (известного Бокию еще по подпольной работе в Питере), Каюров все-таки был уволен со службы в ЧК, на чем настоял Глеб Иванович.

Напряженная работа сказалась на здоровье Бокия. В очередной раз обострился туберкулез легких. В трудных фронтовых условиях он не мог лечиться традиционными методами и прибег к народным средствам Востока, перейдя к употреблению в пищу собачьего мяса.

Врачи отмечают, что при длительном течении туберкулеза (от 20 лет и более) реакция организма на болезнь многообразная и стойкая, возможно изменение характера человека, его личностных качеств. Появляются астенические, возбудимые и истерические проявления с повышенной сексуальностью. Эту болезнь Бокий приобрел, если можно так выразиться, еще в студенческие годы, когда начались материальные трудности, связанные со смертью отца. Он совмещал учебу с работой и продолжал подпольную революционную деятельность, сопровождавшуюся арестами, отбываниями наказаний в ссылках и тюрьмах, а это только усугубляло течение болезни.

Глеб Иванович, конечно, обращался за помощью к врачам, и одним из тех, кто много сделал для него, был Иван Иванович Манухин — доктор медицины, в дореволюционное время популярный врач Петербурга, лечивший многих литераторов, в том числе Мережковского и Горького. В июле 1917 года у него на квартире скрывался Ленин.

После октября 1917 года Манухин продолжал лечить знатных персон, спасал людей от арестов ЧК, способствовал их освобождению из тюрьмы. Каждый раз ему приходилось обращаться за содействием то к Ленину, то к Горькому, и даже к Глебу Ивановичу. И они ему не отказывали.

В начале 20-х годов Манухин сотрудничал с эпидемиологическим отделом Института экспериментальной медицины (лаборатория акад. Павлова) и занимался получением возбудителя свирепствовавшей тогда эпидемии гриппа — испанки, а также работал над созданием противотифозной сыворотки. Кроме того, он интересовался вопросами внутренней секреции в связи с проблемами омоложения. Выехал за границу с помощью Горького, который ходатайствовал об этом перед Лениным.