Вот такими и подобными фантазиями вдохновлялась Блаватская при создании своего фундаментального труда «Тайная доктрина», который увидел свет в 1888 году. Вряд ли это громадное сочинение, написанное на плохом английском, привлекло бы внимание читающей публики и смогло бы сохраниться в культурном наследии, если бы Блаватской не удалось собрать в единую, хотя и весьма путаную, систему новейшие гипотезы того времени о природе и эволюции вселенной. Сегодня уже очевидно, что эти взгляды были ошибочны, но какие-то из популярных теорий XIX века не опровергнуты и вызывают острый интерес у публики. Так, Блаватская была одним из первых авторов, кто заявил о внеземном происхождении человеческой цивилизации, во что продолжает верить довольно большое число людей. Она же обратила внимание образованных европейцев на древние индийские эпосы, утверждая при этом, что в них описана реальность мира, исчезнувшего несколько тысяч лет назад.

«Тайная доктрина» представляет собой комментарий к сакральному тексту под названием «Станцы Дзиан», который автор якобы видела в подземном гималайском монастыре. На основании маловразумительного текста дается описание Божественной деятельности, как ее представляла себе Блаватская, от сотворения мира до его конца.

Первый том («Космогенезис») охватывал собой общий план, в соответствии с которым единый Бог дифференцирует себя в многообразие мыслящих существ, постоянно заполняющих мир. Творения происходят в строгом подчинении божественному плану, проходя через семь кругов (эволюционных циклов). В первом круге мир подчиняется власти огня, во втором – воздуха, в третьем – воды, в четвертом – земли, в прочих – эфира. Этот порядок отражает постепенное удаление мира от божественной милости в первых четырех кругах и его искупление в следующих трех.

Елена Блаватская иллюстрирует стадии космического цикла разнообразными эзотерическими символами: треугольниками, трискелионами и свастикой. Этот последний символ был настолько популярен в Европе XIX века, что Блаватская включила его в проект официальной печати Теософского общества.

На свастике стоит остановиться особо. Концы свастики Блаватской загнуты по часовой стрелке (в правую сторону), и такая форма символа хорошо известна по сохранившимся кадрам кинохроники и фотоснимкам из архивов Третьего рейха. Именно эту свастику выбрали нацисты Германии в качестве своего основного символа. Однако если нацисты считали свастику знаком динамичного возрождения, то Блаватская понимала под ней символ «падения человека в материю».

Второй том «Тайной доктрины» («Антропогенез») пытается увязать историю человечества с эволюцией мироздания. Блаватская сопровождает свою циклическую концепцию утверждением, что каждому кругу сопутствует падение и возвышение семи последовательных «коренных» рас: в первом-четвертом круге расы испытывают упадок духовного развития, отдаваясь во власть материальному миру, в пятом-седьмом кругах высшие расы поднимаются к свету.

Согласно Блаватской, подлинная «человечность» в ее материальном воплощении может быть обретена только пятой коренной расой, которой названа арийская раса. Ей предшествовали соответственно: астральная раса, возникшая в невидимой и священной земле; гиперборейцы, жившие на исчезнувшем полярном континенте; лемурианцы, процветавшие на континенте в Индийском океане, и раса жителей Атлантиды, погибшая в результате глобальной катастрофы.

Помимо расовых акцентов, теософия также подчеркивала принципы элитаризма и иерархии. Елена Блаватская претендовала на безусловный авторитет, определяемый ее местом в оккультной иерархии. В своих рассказах о предыстории человечества она также часто ссылалась на выдающуюся роль элитарных священников коренных рас прошлого.