Единство мироздания должно основываться, по мнению Чижевского, не только на «едином природном субстрате», но и на едином мировом принципе. Чижевский считал, что «механика природы должна покоиться на едином, всеобъемлющем принципе» – принципе всеобщего кругообращения, которому подчинено всё окружающее нас. Таким образом Чижевский поднимал пифагорейскую идею кругооборота до уровня всеобщего мирового принципа. «Очевидно, что вселенная или ее отдельные части – звездные миры – подвержены тому же космическому принципу, который мы наблюдаем в царстве органической и неорганической материи. Человек, животное и растение рождаются, живут и умирают <...> То же самое совершается и со звездными системами: они созидаются, живут и погибают, чтобы вновь <...> создать новую систему или новый мир. <...> Нам важно лишь установить факт той общности всех явлений в природе, каковая и приведет нас в конце концов к признанию вечного круговорота вещей – этого бессмертия Космоса как Великого Целого».

В своих работах Чижевский неоднократно подчеркивал значение «монизма», которого придерживался. Главный принцип монизма, сформулированный Циолковским, звучал так: «Материя едина, и основные свойства ее во всей Вселенной должны быть одинаковы». Монизм подразумевает, что всё в окружающем мире: и в макрокосме, и в микрокосме – строится по одному и тому же эталону. Вселенная похожа по строению на атом, атом же включает в себя целую вселенную. Из монизма выводится логичное предположение, что и человеческое общество формируется по некоему образцу, одинаковому и для высших цивилизаций (если он вправду существуют), и для низших, вроде нашей.

Чижевский считал, что «вскоре должны будут отпасть все метафизические школы, и ненаучный дуализм должен будет уступить место научному монизму». Именно по этому пункту ученый начинал расходиться с материализмом сталинского образца. Сталинские идеологи, упрощая марксистско-ленинскую философию возведением ее в звание абсолютной истины, не могли согласиться с тем, что «объективные законы» развития общества изменяются под воздействием внешних космических факторов. То есть не классовая борьба за средства производства двигают мировой прогресс, а пятна на Солнце или (страшно подумать!) положение звезд. Однако гелиобиология покушалась не только на общефилософские понятия марксизма – она ставила под сомнение теорию революционной борьбы, увязывая кризисы не с движением к коммунизму через революцию, а с появлением солнечных пятен.

Чем дальше, тем больше идеи Чижевского подвергались критике. Его отговорки, что речь идет о чисто научном изучении взаимодействия живых организмов с космической средой на микроскопическом уровне, больше не принимались.

Главным оппонентом Чижевского стал тогдашний директор Всесоюзного института животноводства Борис Завадовский, который сначала подверг деятельность гелиобиолога «погромной» проверке, устраивая в подчиненной последнему Центральной научно-исследовательской лаборатории (ЦНИЛИ) ежегодные комиссии, перед которыми Чижевский должен был отчитываться, а затем организовал публикацию нескольких критических статей в «Правде».

В 1935 году в той же «Правде» появилась статья Завадовского «Враг под маской ученого», в которой он обвинял Чижевского в контрреволюционной деятельности. Ученого в то время спасло только то, что он одновременно был крупнейшим специалистом по ионной аэрации и в его обязанности входило конструирование аэроионизаторов для Дворца Советов в Москве.

Летом 1941 года Чижевский с семьей эвакуировался в Челябинск. Однако и там ему не дали спокойно работать – 21 января 1942 года он был арестован и осужден на восемь лет за антисоветскую деятельность.

Свой срок Александр Леонидович отбывал сначала в Ивдельлагере Свердловской области, а с 1945 года – в Карлаге в степях Казахстана.