На западных дорогах скопилось почти 90 тысяч вагонов сверх нормы. Зачастую поезда шли один за другим на расстоянии нескольких сотен метров. Небывалую нагрузку испытывали дороги, бывшие до войны второстепенными. А на Кавказе, в Средней Азии и Сибири вагонов катастрофически не хватало.

Тем временем на железных дорогах стали теряться вагоны с оружием и боеприпасами. Оказалось, что по настоянию Кагановича и с согласия маршала Кулика ВОСО перестало присваивать номера воинским транспортам. Они отправлялись на фронт мелкими партиями по 3–5 вагонов, что привело к утрате контроля над движением этих составов, нередко начальники станций загоняли эти бесконтрольные, но крайне необходимые армии грузы в тупики. За этот крупный промах поплатился жизнью начальник ВОСО генерал Н. И. Трубецкой. По словам его преемника, И. В. Ковалева, «он неожиданно, причем незаметно для всех, исчез, и никто в управлении не мог сказать, куда он убыл».

«Уже в июле, — вспоминает А. И. Микоян, — стало ясно, что Л. М. Каганович, будучи перегружен делами на транспорте, не может обеспечить надлежащую работу Совета по эвакуации…»

16 июля председателем Совета по эвакуации вместо Кагановича был назначен Шверник. Все исследователи, как отечественные, так и зарубежные, называют массовую эвакуацию советской промышленности одним из выдающихся технических достижений Второй мировой войны. В связи с этим значительная доля заслуг принадлежит Кагановичу как наркому путей сообщения.

22 июля Москва — не только столица, но и крупнейший железнодорожный узел страны — подверглась первой массированной бомбардировке.

Днем и ночью к Кагановичу в кабинет стучался то один, то другой нарком-хозяйственник: они лично прибывали в НКПС, чтобы разыскать потерявшиеся в дороге остро необходимые грузы. Но нередко и сам Каганович, несмотря на беспрекословное подчинение исполнителей и военное время, не мог добиться от подчиненных никаких сведений о пропавших вагонах. Типичный эпизод описывает нарком авиапромышленности Шахурин: «Докладывали: „Завтра завод станет, если не будет поковок или подшипников“… Оказывается, поковки есть. Они отгружены, однако потерялись в пути. А поковок — 20 тонн. Это сотни самолетов. В поиски включается даже НКВД. Поковки находят где-то в Актюбинске, где они, естественно, никому не нужны. Там наших заводов нет. Срочно переправляем все по назначению…» Заводы чуть ли не на каждый эшелон вынуждены были назначать своих сопровождающих. Наиболее влиятельные наркоматы всеми правдами и неправдами доставали транспортные самолеты и в критических ситуациях перебрасывали крохи производственного дефицита по воздуху.

В любое время дня и ночи вызывали Кагановича в Совнарком, где его, как правило, ждали Микоян и председатель Госплана Н. А. Вознесенский, лично распределявшие уголь между предприятиями, а также кто-нибудь из Наркомата угольной промышленности и из других ведомств. Разгорались горячие споры из-за каждого вагона с углем, принимались решения о переназначении и повороте эшелонов.

При вызовах к Сталину нередко приходилось ждать и в приемной, чего в мирное время не бывало никогда и ни с кем.

В конце августа по инициативе Кагановича начались работы по сооружению большого (534 км) железнодорожного кольца вокруг Москвы для разгрузки московского узла от транзитных перевозок. Это была несвоевременная идея, и вскоре трагические события на фронте поставили на ней крест.

В первые месяцы войны жертвой шпиономании стал старший брат Кагановича — Михаил Моисеевич, который еще в 1940 году был снят с поста министра авиационной промышленности, а на XVIII партийной конференции весной 1941 года был выведен из состава членов ЦК ВКП(б).

Он был обвинен во вредительстве в области авиационной промышленности и в тайном сотрудничестве с гитлеровцами.