Для мстительного и подозрительного Сталина Полина Жемчужина уже тогда стала персоной nоn grata. Но Сталин умел ждать и тщательно скрывать свои чувства. «Чистки» 30-х годов обошли Жемчужину. Более того, она стала занимать во второй половине 30-х годов ответственные посты в аппарате Совета Народных Комиссаров. Некоторое время была заместителем наркома пищевой промышленности, наркомом рыбной промышленности, затем начальником Управления косметической промышленности, или Главпарфюмера. На XVIII съезде ВКП(б) она была избрана кандидатом в члены ЦК.

Жемчужина была еврейкой, и, когда во время Отечественной войны в нашей стране был создан Еврейский антифашистский комитет, жена Молотова стала одним из его руководителей.

В 1948 году на Ближнем Востоке появилось еврейское государство Израиль, созданное по решению ООН при активном содействии СССР. Советский Союз был первым государством, которое объявило об установлении с ним дипломатических отношений. Вскоре в Москву приехала посол Израиля Голда Меир. Было естественным, что на различного рода приемах, которые устраивало в Москве израильское посольство, присутствовали и члены Еврейского антифашистского комитета. Голда Меир и Полина Жемчужина не раз беседовали друг с другом.

К этому надо добавить, что у Жемчужиной была родная сестра, которая еще в годы гражданской войны уехала из России. Полина переписывалась с ней до 1939 года. Если Молотову приходилось заполнять анкету и, в частности, отвечать в ней о «родственниках за границей», то он должен был писать о сестре и племянниках жены, которые теперь жили в Израиле. Хорошие отношения между Израилем и Советским Союзом длились, однако, недолго. В 1948–1949 годах стала набирать силу пресловутая кампания против «безродных космополитов». Начались массовые репрессии против еврейской интеллигенции и ликвидация почти всех еврейских общественных и национальных организаций. В это время для Сталина и наступил удобный момент расправиться с Полиной Жемчужиной, когда-то ближайшей подругой его жены. По мнению Сталина, она знала слишком много. Конечно, на первый план выдвигались другие обвинения.

П. С. Жемчужина была обвинена в «измене Родине», в связях с международным сионизмом и т. п. Вопрос о ее аресте обсуждался на Политбюро. После того как Берия изложил данные своего ведомства, все члены Политбюро проголосовали за арест Жемчужиной. Молотов воздержался, но и не выступил с опровержением.

Вернувшись домой, Молотов должен был первым сообщить жене и о решении Политбюро, и о ее близком аресте.

– И ты поверил во всю эту клевету! – кричала в отчаянии Полина Семеновна.

– Но там были представлены такие убедительные документы, – отвечал растерянный и подавленный Молотов.

На следующий день Жемчужину арестовали. Бывший Генеральный секретарь ЦК Компартии Израиля С. Микунис рассказал в своих воспоминаниях об одной из встреч с Молотовым:

«…В 1955 году у меня произошла довольно любопытная встреча с Молотовым… В Кремлевской больнице в Кунцево, куда меня положили после того, как я немного прихворнул… Здесь совершенно случайно в одном из больничных корпусов я и встретил Молотова. До этого я его видел только один раз в Париже, когда он выступал на съезде сторонников мира… Теперь, в Кунцево, Молотов был, как и я, в больничной пижаме, но, несмотря на это, он выглядел, как всегда, надменным, выражение лица холодное, жесткое. Увидев его, я подошел к нему и спросил: „Почему вы как член Политбюро позволили арестовать свою жену?“ Он окинул меня холодным взглядом и спросил, а кто я, собственно, такой. Я ответил: „Я Генеральный секретарь Коммунистической партии Израиля, и поэтому я вас спрашиваю, и не только вас, яспрошу об этом ЦК… Почему вы дали арестовать свою жену Полину Жемчужину?“ Он с тем же стальным лицом, на котором не дрогнул ни один мускул, ответил: „Потому что я член Политбюро, и я должен был подчиниться партийной дисциплине… Я подчинился Политбюро, которое решило, что мою жену надо устранить…“ Вот какая любопытная была сценка».