К этому времени заметно поколебалась целостность централизации прокуратуры. Утрата единства прокурорской системы приняла довольно отчетливые очертания. Все громче и настойчивее раздавались голоса о предоставлении большей самостоятельности прокурорам союзных республик, пересмотра порядка их назначения (руководители республик считали, что это должна быть их прерогатива). Н. С. Трубин считал, что для сохранения единства системы, Прокуратура Союза ССР должна была сделать кардинальные шаги. «Судьба прокуратуры, ее будущее тревожит всех нас, — писал он. — Хотелось бы надеяться, что еще не поздно изменить сложившуюся в прокурорской системе ситуацию. Что можно сделать уже теперь? Безотлагательно передать в компетенцию прокуроров союзных республик решение всех вопросов, связанных с назначением прокуроров районов и городов, а может быть, даже и областных прокуроров, присвоения классных чинов вплоть до советника юстиции, маневрирование штатами, материальными и иными ресурсами, утверждение структурных изменений. А главное — надо пересмотреть порядок назначения прокуроров союзных республик, согласившись с тем, чтобы они утверждались верховными советами республик или согласовывались с ними. Не надо делать вид, что ранее такие назначения ни с кем на местах не согласовывались. Понятно, чтобы рассматривать такие предложения, нужно внести изменения в Конституцию СССР и закон о Прокуратуре СССР».

Органы прокуратуры все более и более втягивались в выполнение несвойственных им функций. Это засасывало, как болото. Силы распылялись, прокуроры, по выражению Трубина, превращались в обычных управленцев. Поэтому на одном из заседаний коллегии прокуратуры республики, проводившемся под председательством Трубина, было решено считать приоритетной задачей защиту законных прав и интересов граждан и прежде всего от преступных посягательств. В условиях перехода страны к рыночным отношениям главное внимание сосредоточить на надзоре за законностью правовых актов и законностью рассмотрения материалов контролирующими органами, а также за разрешением писем, заявлений и жалоб на неправильные действия органов управления, учреждений, организаций и должностных лиц.

Возглавлять прокуратуру республики Н. С. Трубину довелось всего полгода. Бурные процессы, происходившие в стране, породили и кадровую чехарду. Президенту СССР М. С. Горбачеву показалось, что А. Я. Сухарев не вполне справляется с обязанностями Генерального прокурора СССР. Репутацию ему во многом подпортили следователи Гдлян и Иванов, расследовавшие тогда громкое, так называемое узбекское дело. Все это было не по нраву Президенту СССР, и он принял решение сменить Генерального прокурора, предложив этот пост Н. С. Трубину. Правда, А. Я. Сухарев и сам не очень держался за это место. Об этом он не раз говорил своим коллегам.

11 декабря 1990 года постановлением Верховного Совета СССР Н. С. Трубин был назначен Генеральным прокурором Союза ССР, а 27 декабря Съезд народных депутатов СССР утвердил его в этой должности (постановление подписал Председатель Верховного Совета СССР Лукьянов). Ему был присвоен классный чин действительного государственного советника юстиции.

Николаю Семеновичу Трубину довелось оказаться последним Генеральным прокурором Советского Союза. В своем выступлении на том съезде Николай Семенович говорил о том, почему меры, осуществленные прокуратурой и другими правоохранительными органами, не влияли на оздоровление обстановки в стране; о пресловутой «войне законов», по существу парализовавшей деятельность органов исполнительной власти; о правовом нигилизме республиканских законодателей, чем не преминули воспользоваться и местные органы власти, особенно в автономных республиках; о прямом и бесцеремонном вмешательстве в деятельность прокуратуры и т.