По словам Виллани, в Риме во время Пасхи находилось около миллиона паломников. Вероятно, такое большое число людей, желавших поклониться церковным реликвиям, объяснялось намерением получить индульгенцию и начать благочестивую жизнь, чтобы чума больше не повторялась, но также можно предположить, что условия пребывания в Риме не были столь плохими, как отмечают хронисты.

Церковь во время и в первые годы после чумы крайне обогатилась. Нередко находившиеся при смерти люди, чувствуя за собой многочисленные грехи, завещали свое состояние религиозным организациям. Парижская церковь Сен-Жермен-л’Оксеруа получила за девять месяцев 1350 года сорок девять посмертных даров, в то время как в предыдущие восемь лет – лишь семьдесят восемь. Еще раньше, в октябре 1348 года, городской совет Сиены приостановил на два года ежегодное выделение средств религиозным благотворительным учреждениям, поскольку «эти учреждения безмерно обогатились за счет крупных пожертвований». Во Флоренции центр ремесленных цехов Орсанмикеле получил триста пятьдесят тысяч флоринов для оказания помощи беднякам, но затем руководителей этой организации обвинили в использовании полученных денег на личные нужды, на что последовало объяснение: «самые бедные и нуждающиеся умерли во время чумы».

Обогащение церкви вызвало недовольство, ибо духовенству припомнили, что во время чумы священнослужители халатно относились к своим обязанностям; к тому же вражду к церковникам разжигали непримиримые флагелланты. То, что священнослужители во время чумы умирали равно, как и миряне, не принималось в расчет, а вот то, что они не всегда бывали у умирающих или за услуги свои назначали чрезмерно большую плату, вызывало негодование. Эта враждебность проявилась даже во время Юбилейного года. Однажды, когда кардинал-легат ехал верхом во главе процессии, в него выстрелили из лука, угодив стрелой в головной убор. Легат тотчас отбыл в Неаполь, но умер в пути, выпив, как говорили, отравленное вино.

В Англии в 1349 году во время всплеска антиклерикализма жители Уорчестера сломали ворота монастыря Святой Марии и избили монахов. В том же году в Йовиле, когда епископ Бата и Уэллса служил благодарственный молебен по случаю ухода чумы, его прервали сыновья умерших во время этого бедствия, после чего заперли епископа с прихожанами в церкви, где они пробыли до утра.

Враждебность народных масс вызывали и разбогатевшие религиозные ордена. Найтон в своем труде сообщал, что в Марселе убили сто пятьдесят членов францисканского ордена (с пометкой «правильно сделали»), а в Магелоне из ста шестидесяти монахов в живых осталось лишь семь (опять же с замечанием – «семь живых и то много»). Нищенствующие ордена обвиняли в поклонении деньгам и «поиске земных и плотских утех».

После чумы, как считали хронисты, люди стали более жадными и скупыми, чем ранее, более агрессивными и порочными, и прежде всего все эти незавидные изменения касались священнослужителей. Когда в 1351 году прелаты обратились к Клименту VI с просьбой упразднить нищенствующие ордена, он гневно ответил: «Если я так поступлю, вся тяжесть наставления христиан на путь истины ляжет на вас. А чему вы будете учить паству? Смирению? Но вы самые надменные люди в мире, надутые чванством и погрязшие в роскоши. Или, может быть, скудости? Но вы до такой степени алчны, что вам не хватит всех богатств мира. Тогда, может быть, целомудрию? Я промолчу об этом, ибо только Богу известно, как часто вы удовлетворяете свою похоть». С этими мрачными суждениями о своих сотоварищах Климент VI через год скончался.

А вот как охарактеризовал священнослужителей Лотарь Саксонский: «Те, кто величает себя пастырями людей, на самом деле пребывает в роли волков». Далее он пояснил, что когда большинство народа влачит то же жалкое существование, что и прежде, недовольство церковью приводит к ереси и сектантству, реформистским движениям, которые могут разрушить католическое единство.