Планирование военных учений Millenium Challenge началось летом 2000 года. JFCOM привлекло к этой работе несколько сот военных аналитиков, экспертов и программистов. Во время учений в США «свои» всегда называются «синими», а неприятель — «красными». JFCOM разработало солидную легенду для обеих сторон, собрав максимальное количество сведений о собственных силах и силах противника. За несколько недель до начала Millenium Challenge «красные» и «синие» провели серию «нарастающих» учений — своего рода разминку перед полномасштабными событиями. Командующий «красными» наращивал агрессию, США демонстрировали растущую обеспокоенность.

В конце июля обе стороны приехали в Саффолк и развернули штаб-квартиры на первом этаже главного здания JFCOM, в огромных помещениях без окон, называемых испытательными стендами. Морская пехота, авиация, сухопутные войска, соединения военно-морского флота были приведены в полную боевую готовность и ждали приказов командования «синих» и «красных». Если силы «синих» запускали ракету или поднимали в воздух боевой самолет, один из сорока двух автономных компьютерных модулей симулировал каждое такое действие настолько реально, что находившиеся в командном пункте зачастую не догадывались, что это имитация. Учения продолжались две с половиной недели. В целях предстоящего анализа специалисты JFCOM снимали на видео и записывали все разговоры, а компьютер учитывал все пули, ракеты и танки. Это было больше чем эксперимент. Как стало ясно менее чем через год, это была генеральная репетиция войны (точнее, вторжения США в Ирак, президент которого, имея мощную этническую поддержку, оказывал, по мнению военных экспертов США, помощь международным террористам). В соответствии с заявленной целью учений Millenium Challenge, Пентагон должен был проверить новые методы ведения боевых действий. В операции «Буря в пустыне» в 1991 году США выбили силы Саддама Хуссейна из Кувейта. Но это была война обычного типа: две хорошо организованные и вооруженные армии встречаются и сражаются на открытом поле боя. После «Бури в пустыне» Пентагон пришел к выводу, что такое ведение войны вскоре уйдет в прошлое: ни у кого не хватит глупости бросить США прямой вызов и вступить с ними в открытое военное противостояние. В будущем конфликты будут иметь рассеянный характер — происходить не только на поле боя, но и в городах; средством воздействия будет не только вооружение, но и идеи; этические и экономические методы воздействия будут использоваться не менее интенсивно, чем армии. Вот как сказал об этом один из аналитиков JFCOM:

«Следующая война будет не просто между военными и военными. Решающим фактором будет не количество уничтоженных танков, кораблей или самолетов, а ваша возможность разрушить систему организации противника. Вместо того чтобы подавлять средства ведения войны, надо бороться с организацией войны. Военная мощь опирается на экономическую систему, которая тесно связана с национальной системой и личными взаимоотношениями. Надо разобраться во всех этих связях противника».

В учениях Millenium Challenge «синие» получили в свое распоряжение мощный интеллектуальный ресурс, какого не существовало, возможно, за всю историю вооруженных сил США. Объединенное командование разработало метод системной оценки оперативной обстановки (т.