Однако во время службы в Москве Дыбенко весьма активно занимался совершенно иной деятельностью — он с головой окунулся в закулисную борьбу высшего руководства РККА. Отныне и до самого своего ареста он будет принимать самое активное участие в возникавших и исчезавших неофициальных группировках. Будет интриговать, строить козни, распускать и собирать слухи.

Из признаний П.Е. Дыбенко в 1938 году: "Я много раз обманывал партию и при вызове всей нашей группы правых (Егорова, меня и Буденного) в ЦК в 1938 году я так же скрыл всю эту борьбу с партией и советским народом, которую проводила наша организация. Сейчас мне скрывать уже нечего, и я буду говорить правду. Прежде чем рассказать о деятельности нашей организации я хочу рассказать о мотивах приведших меня в эту организацию. Из показаний Дыбенко во время следствия в 1938 году: "…Я все годы всегда с неприязнью относился к Ворошилову. Считаю, что Сталин и Ворошилов встали на пути к моему продвижению. Я мог бы быть претендентом на пост Наркома, каким я уже был в 1918 году. Я знал, что Сталин, еще со времен Гражданской войны считал меня плохим военным и аморальным человеком, и это препятствовало моему продвижению. В результате я временно занимал руководящие посты, затем направлялся на командование тыловыми и окраинными округами. Вся моя дальнейшая контрреволюционная борьба — борьба лично против Ворошилова, которого я ненавижу и против Сталина, как олицетворявшего коммунистическую партию и Советскую власть. Отсюда вытекало мое искание тех групп, к которым бы я мог примкнуть в борьбе против руководства РККА и партии. К моменту, когда стало ясно, что Троцкий будет снят с поста Наркома и выдвигалась фигура Фрунзе, среди высшего комсостава велись разговоры, что на пост Наркома необходимо выдвинуть кого-то из крупных специалистов, например Каменева, Тухачевского, Егорова. Я видел, что группа Тухачевского, к которой примкнул Уборевич, Лебедев, Петин, Корк и большая группа молодых командиров, в т. ч. Вахитов, Вольде, Белицкий, Полгорецкий и т. д. имеют большой вес в армии и лично Тухачевский имеет большие перспективы на продвижение. Учитывая это, я примкнул к группе Тухачевского. Я сблизился с ним лично, высказал свое восхищение его военными талантами, и прямо заявил, что лучшего Наркома, чем он, я себе не представляю и буду его всеми силами поддерживать. Однако Наркомом был назначен Фрунзе. Но групповая борьба продолжалась, и я поддерживал Тухачевского. После смерти Фрунзе встал вопрос о новом Наркоме. Вновь началась борьба между разными группировками в армии за продвижение своих кандидатов. Я вначале поддерживал Тухачевского, однако затем убедился, что его кандидатура не проходит и начал искать близость к Ворошилову. С этого времени с Тухачевским я окончательно разругался. К этому времени (1925–1926 год) я сблизился с Егоровым и Бубновым.

Отбившись от группы Тухачевского, я желал иметь опору в армии, искал к кому бы мне примкнуть для того, чтобы использовать этих людей, как трамплин для дальнейшего продвижения, в первую очередь я обратил внимание на группу Егорова и Буденного. Группа Егорова-Буденного считалась «демократической» группой и занимала особое место в РККА. Им удавалось спекулировать на том, что в период Гражданской войны они воевали со Сталиным и были близки к нему… Егоров и Буденный были лично озлоблены против Ворошилова, считая, что он выдвинут на пост Наркома без достойных оснований к тому. В моих беседах с ними и Егоров, и Буденный открыто высказывали свое озлобление против Ворошилова, пытаясь всячески дискредитировать его.

Буденный, например, в 1926 году, когда я был у него на квартире с Тухачевским, начал как обычно, рассказывать о роли 1-й Конной армии в Гражданской войне, хвалился, что Конная армия решила исход Гражданской войны.