В разгар подготовки к снаряжению великого посольства в столице произошли два события, непосредственно касавшиеся Петра и его начинаний.

В келье строителя подмосковного Андреевского монастыря старца Авраамия собирался кружок. Собеседники обменивались новостями и суждениями об увиденном и услышанном. Московская жизнь тех лет давала обильный материал для обмена мнениями. Царя видели запросто шагающим в составе войск, наблюдали его увлечение кораблестроением и частые визиты в Немецкую слободу. Такое поведение считалось предосудительным, не соответствующим царскому сану. У Авраамия созрела мысль сообщить царю обо всем, что вызывает ропот и недовольство. Так возникло послание старца Авраамия. В нем старец сокрушался по поводу упрямства царя, его увлечения «потехами непотребными» и отказов от советов матери, жены, родственников и бояр. Авраамий просил царя о личной встрече.

Вместо аудиенции у царя Авраамий угодил в застенок Преображенского приказа. Расследование обнаружило, что пересуды в келье не имели в виду опасных для правительства действий. Участники собеседований отделались легкими наказаниями.

Более серьезным оказался раскрытый в феврале 1697 года заговор полковника Цыклера, к которому были причастны чиновные и родовитые люди. Цыклер — честолюбивый иноземец, начавший службу в России еще в 1671 году, следовательно, вполне обрусевший. В мае 1682 года он принимал деятельное участие в стрелецком восстании на стороне Софьи и Милославских. Во время попытки произвести дворцовый переворот в 1689 году переметнулся на сторону Петра. Продвижение Цыклера по службе протекало не с той быстротой, на какую рассчитывал карьерист. Он был полковником стрелецкого полка, получил чин думного дворянина, затем его отправили воеводой в далекое Верхотурье. После возвращения в Москву Цыклер получил новое назначение, опять связанное с выездом из столицы — в завоеванный Азов и на постройку гавани в Таганроге. По всему видно, что Петр не доверял Цыклеру, помнил о его связях с Милославскими, держал его в отдалении. У Цыклера появилось намерение убить Петра. Исполнителей замысла он искал среди стрельцов, с которыми не терял связей. «Как государь поедет с Посольского двора, и в то время можно вам подстеречь и убить», — говорил Цыклер стрельцам.

Замысел Цыклера разделяли его сообщники из родовитых людей, куда он стал вхожим благодаря родственным связям своей супруги. Среди знати непримиримую позицию к Петру занимали окольничий Алексей Соковнин, боярин Матвей Пушкин и их родственники. С глазу на глаз Цыклер в беседах с Соковниным осуждал отправку детей за границу: «И тебе самому каково, сказываешь, страшно, что с детьми своими разлучаешься!» Соковнин отвечал: «Не один я о том сокрушаюсь».

Как только Петру стало известно о заговоре, он принял в его расследовании живейшее участие, проявив при этом крайнюю жестокость, подогреваемую, видимо, причастностью к заговору ненавистных ему стрельцов. Долгие часы царь проводил в Преображенском, сам допрашивал обвиняемых, подвергавшихся страшным пыткам. Главным участникам заговора была определена смертная казнь, причем церемонию казни, отличавшуюся грубым надругательством, тоже разработал Петр.

Царь считал идейным вдохновителем замысла Цыклера давно умершего Ивана Милославского. Гроб боярина извлекли из могилы, положили в сани, запряженные свиньями, привезли в Преображенское к месту казни и установили под эшафотом. Кровь казненных ручьями стекала на останки Милославского. На следующий день головы казненных были насажены на колья и выставлены в Москве для всеобщего обозрения.

Казалось бы, что Петр после раскрытия заговора Цыклера, к которому были причастны некоторые боярские фамилии и стрельцы, должен был расстаться с мыслью о поездке за границу. Однако заговор нисколько не нарушил подготовки великого посольства, не изменил он и намерений царя. Петр поручил управление страной князю Ромодановскому и боярину Тихону Стрешневу.