Софья предприняла несколько неудачных попыток примирения. Сначала она для улаживания конфликта отправила к Троице патриарха Иоакима, но тот, симпатизируя Петру, остался при нем. «Послала я патриарха, — делилась со стрельцами результатами своей неудачной затеи Софья, — для того, чтобы с братом сойтись, а он, заехав к нему, да там и живет, а к Москве не едет». Затем она отправилась к монастырю сама, но в пути получила категорическое повеление брата вернуться в Кремль.

Военные силы, на которые рассчитывала опереться Софья, таяли с каждым днем. Вместе с Шакловитым она не могла удержать в повиновении солдатские и стрелецкие полки, не рисковавшие вступить в вооруженный конфликт с войсками, поддерживавшими Петра. По его вызову в Троице-Сергиеву лавру прибывали, во главе солдат и стрельцов, командиры полков. Там стрелецкие начальники сообщили царю о тайном совещании, созванном Шакловитым, о его попытке произвести дворцовый переворот. Последовало требование выдать Шакловитого.

Апелляция Софьи к оставшимся в Москве стрельцам, призыв встать на защиту своего начальника успеха не имели. Правительнице пришлось выдать фаворита, он был 7 сентября доставлен в монастырь, подвергнут допросу и пыткам и через пять дней казнен вместе с главными сообщниками.

Выдача Шакловитого означала полное поражение Софьи. Петр и его сторонники вполне овладели положением. Стрельцы вышли встречать ехавшего в Москву царя, в знак покорности легли вдоль дороги на плахи с воткнутыми топорами и громко просили о помиловании.

Еще продолжался розыск над Шакловитым, а Петр, находясь в Троице, отправил брату Ивану письмо с решением отстранить Софью от власти. «Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас». Далее Петр испрашивал разрешения «не отсылаясь к тебе, государю, учинить по приказом правдивых судей, а не приличных переменить, чтоб тем государство наше успокоить и обрадовать вскоре».

Письмо подводило итоги придворной борьбы и свидетельствовало о торжестве группировки Нарышкиных: Софья объявлялась «зазорным лицом» и в конце сентября была заточена в Новодевичий монастырь. Другим следствием переворота надлежит считать фактическое отстранение от дел слабоумного брата Ивана. Хотя в письме Петр и выразил готовность почитать своего старшего брата «яко отца», но решение всех практических вопросов сторонники Петра взяли в свои руки. К царю Ивану «не отсылались» не только в данном случае, когда формировали новое правительство, но и в последующие годы. Он номинально исполнял царские обязанности вплоть до своей смерти в 1696 году: присутствовал на приемах посольств, участвовал в церковных церемониях, его имя упоминалось во всех официальных актах.

Отстранение Софьи мало что изменило в поведении Петра. Добившись власти, он тут же проявил к ней полное безразличие. Участие в государственных делах он ограничил выполнением сложной и монотонной программы московского дворцового обихода — выходами в подмосковные и столичные монастыри и соборы, присутствием на семейных празднествах. Ничто не свидетельствовало о его стремлении вникнуть в дела управления. Его резиденцией по-старому оставалось Преображенское. По настоянию матери Петр в тяжеловесном царском облачении появлялся в Кремле лишь на публичных церемониях. Участники некоторых празднеств были поражены новшеством, несомненно исходившим от молодого царя, — тишину нарушала ружейная и пушечная пальба. Но церемонии и празднества Петр оставлял без всяких колебаний, как только заходила речь о марсовых и нептуновых потехах. Одну из марсовых потех царь организовал осенью 1690 года: стрелецкий полк «сражался» против потешных и дворянской конницы. Это противопоставление новых войск старым вошло в обычай, причем стрелецким полкам всегда отводилась роль побежденных. «Бои», не обходившиеся без жертв, чередовались с пирами.